戦役の発端となった人類統合体の先制攻撃は、双方に甚大な損害を出し、艦隊の再建に3年を必要とした。再編成を終えた星界軍は、人類統合体領打通作戦「幻炎」を発動した。新米艦長として新設の突撃艦「バースロイル」に乗り込んだラフィールは、同じく書記として乗り込んだジント（父の死により爵位を継いだ）と共に、戦いに身を投じて行く。2人の直属の上司アトスリュア百翔長は、3年前にラフィールが殺したフェブダーシュ男爵の妹であった。担当領域のアプティック門は前線を遠く離れ、予備艦隊が駐留していた。

「幻炎」作戦は成功に終わり、引き続き殲滅戦「狩人」作戦が実行された。ただ、制圧星系が多すぎて、領主が足りなくなってしまった。そのため戦いの一方、狩人艦隊司令長官ビボース提督の気まぐれで、征服した惑星ロブナスIIの領主代行および領主副代行として赴いたラフィールとジントの2人であったが、そこは統合体の犯罪者強制収容所であった。ジントたちは、慣れないながら元人類統合体の刑務官たちと交渉するが、彼らの希望は他星系への移住だった。元々囚人たちの動向は不穏だったが、刑務官と女性囚の移送が最終段階に来た矢先、ついに刑務官たちが恐れていた反乱が起こり、ジントは囚われの身となってしまう。

「狩人」作戦終了で戦況は一時膠着し、2人はジントの故郷にして3ヵ国連合から帝国が奪還したハイド伯国（旧：ハイド星系）へと向かうが、待っていたのはとても好意的とは言えぬ歓迎であった。一方、星界軍はいまだ帝国に帰順しないハイド星系における戦略級演習を企画する。そしてついに、ジントは育ての親にして現・ハイド星系首相ティル・コリントと再会する。

戦争は7年目に突入した。平面宇宙における人類統合体領を孤立させるべく、二方面から打通する「双棘」作戦が発動された。ラフィールたちは襲撃艦「フリーコヴ」に乗り込み、バルケー王国から天川門群中心円まで打通する作戦部隊に所属し、ラフィールの弟ドゥヒールはもう一方の、狩人作戦によって獲得した新領土から天川門群中心円まで打通する作戦部隊に所属して、戦列艦「カイソーフ」に乗り込み快進撃を続けた。一方、アーヴ帝国の皇帝ラマージュは、中立を宣言していたハニア連邦大使ティン・クイハンから密約の話を持ちかけられるが、これは帝国の命運を決しかねない重大なものであった。そして、星界軍が人類統合体のマイラル星系を制圧後、新作戦「雪晶」へ移行して、新領土方面艦隊が再編された。一方、ジントは第一蹂躙戦隊ごと帝都ラクファカールへ呼び戻され、一人帝宮へ召還された。

4カ国連合軍の侵攻に対して帝都ラクファカール防衛が不可能と判断した皇帝ラマージュは、緊急遷都作戦「不死鳥」作戦を発動する。皇太子ドゥサーニュは不死鳥艦隊を率いて一路、臨時帝都となるバルケー王国のソトリュール鎮守府に向かう。帝都では避難の時間を稼ぐための帝都防衛団が召集され、上皇たちがその指揮官となっていた。ラマージュはラフィールに、帝国宝物・英雄芳名碑を臨時帝都に輸送せよと勅命を与えた後に、敵の侵攻をわずかでも遅らせるため近衛艦隊を率いて死地に赴く。一方、自部隊の孤立を確認したドゥヒールは、コトポニーからの命令書を携え雪晶第5艦隊司令部に出頭するのだった。

ラクファカール陥落から10年。八王国のうち4王国を奪われた帝国は、ついに反撃に乗り出す。ラフィールは、新皇帝ドゥサーニュから霹靂作戦（クファゼート・ロドルショト）の実行を命じられ、人民主権星系連合体撃滅へ向かう。一方、孤立していた「第二方面艦隊」司令長官ドゥビュースのもと、ドゥヒールは艦隊司令長官として重責を担うこととなる。

• 森岡浩之（著） / 赤井孝美（イラスト） 『星界の戦旗』 早川書房〈ハヤカワ文庫〉、既刊6巻（2018年9月5日現在）
• 「絆のかたち」1996年12月15日発行（12月11日発売）、ISBN 4-15-030573-0
• 「守るべきもの」1998年8月19日発売、ISBN 4-15-030603-6
• 「家族の食卓」2001年3月23日発売、ISBN 4-15-030660-5
• 「軋む時空」2004年12月25日発行（12月21日発売）、ISBN 4-15-030774-1
• 「宿命の調べ」2013年3月25日発行（3月22日発売）、ISBN 978-4-15-031106-3
• 「帝国の雷鳴」2018年9月15日発行（9月5日発売）、ISBN 978-4-15-031341-8

• 森岡浩之（原作） / 小野敏洋（第1巻作画） / 宮越和草（第2巻作画） 『星界の戦旗』 メディアワークス〈電撃コミックス〉、全2巻
• 「絆のかたち」2001年10月27日発売、ISBN 4-8402-1983-4
• 「守るべきもの」2002年7月27日発売、ISBN 4-8402-2168-5

特記のない限り編者は早川書房編集部。

• 『星界の戦旗ナビゲーションブック』2000年4月発行、ISBN 4-15-030635-4
• 『星界の戦旗』のアニメ放送に合わせて発売されたファンブック。アニメ関係者へのインタビュー、アニメ関連の資料などが収録されている。
• 『星界の戦旗読本』2001年7月31日初版発行、ISBN 4-15-208359-X
• 『星界の戦旗』に関するエッセイ、各種設定、短編小説（全て『星界の断章』の文庫本に収録された）などが載ったファンブック
• 『星界の戦旗フィルムブック1』2001年8月15日発行、ISBN 4-15-030672-9
• 『星界の戦旗フィルムブック2』2001年9月15日発行、ISBN 4-15-030674-5
• 『星界の戦旗フィルムブック3』2001年10月15日発行、ISBN 4-15-030678-8
• 『アニメ星界』の戦旗のフィルムブック。各巻末に短編小説の星界の断章が1話ずつ収録されている（全て『星界の断章』の文庫本に収録された）。
• 『星界マスターガイドブック』2005年10月発行、ISBN 4-15-030817-9
• アニメ『星界の戦旗II』『星界の戦旗III』のフィルムダイジェスト、星界の世界説明からなるファンブック。

『星界の戦旗』のアニメ放送に合わせて発売されたファンブック。アニメ関係者へのインタビュー、アニメ関連の資料などが収録されている。

『星界の戦旗』に関するエッセイ、各種設定、短編小説（全て『星界の断章』の文庫本に収録された）などが載ったファンブック

『アニメ星界』の戦旗のフィルムブック。各巻末に短編小説の星界の断章が1話ずつ収録されている（全て『星界の断章』の文庫本に収録された）。

アニメ『星界の戦旗II』『星界の戦旗III』のフィルムダイジェスト、星界の世界説明からなるファンブック。

テレビアニメ。『星界の戦旗』のタイトルで、2000年4月14日から同年7月14日までWOWOWにて放送された。全13話。第7話はアニメのオリジナルストーリー。

放送終了後に、全13話に新作カットを加えた総集編『星界の戦旗 特別編』が制作され、2001年7月7日にWOWOWにて放送された。

テレビアニメ。『星界の戦旗II』のタイトルで、2001年7月11日から同年9月26日までWOWOWの放送された。全10話。16：9のワイド画面で制作され、BSデジタル放送ではハイビジョンで放送された。ハイビジョン放送されることが前提のテレビアニメシリーズでは珍しく、セルアニメである。

OVA。『星界の戦旗III』のタイトルで、2005年8月26日には上巻が、同年9月23日には下巻がそれぞれ発売された。アニメ化に際してはハイド門沖演習のシーンが大幅にカットされ、アニメオリジナルの『エクリュアの歌』が挿入されている。星界シリーズのアニメでは初めてデジタル制作が行われた。

キャストは基本的にアニメ版と同じ。アニメと違う場合と、映像化されていないIVのオリジナルキャストは以下の通り。

• 星界の戦旗III - スォッシュ（千々和竜策…アニメでは声は設定されていない）
• 星界の戦旗IV - ベルソート（真殿光昭）、ヴォーニュ（佐久間紅美）、ティン・クイハン（千々和竜策）