本作は横溝の戦後最初の長編推理作品であり、それまで日本家屋には不向きとされていた密室殺人を初めて描いた作品として知られる。また金田一耕助のデビュー作でもある。

『宝石』の編集長・城昌幸から連載の依頼を受けた作者は、本格中の本格というべき「密室殺人事件」か「一人二役」「顔のない死体」という三大トリックのどれかに取り組んでみたいと思ったが、『神楽太夫』で顔のない死体を書いてしまったので、自分に本格ものが書けるかもしれないという自信を植えつけてくれたディクスン・カーが密室作家であることからも、こんどはどうしても密室殺人を書きたいと思った。

本作の冒頭でも述べられているが、疎開していた農家の天井も柱も長押もすべて紅殻塗りであったことがガストン・ルルー著『黄色い部屋の秘密』を連想させ、日本式家屋での密室殺人が書けないものか考え始め、さらにカーター・ディクスン著『プレーグ・コートの殺人』の四方を泥に囲まれた離れを雪に囲まれた離れに置き換えたらどうかと考えたと作者は述べている。

密室トリックについては、シャーロック・ホームズ・シリーズの『ソア橋』との共通性が指摘され、本作の中でも金田一耕助が推理の根拠としてそれを引き合いに出しているが、作者自身はロジャー・スカーレット著『エンジェル家の殺人』に着想を得たものだと語っている。

物語は、岡山県に疎開した作者が人伝いに聞いた話をまとめたという形式をとっている。このスタイルは同じく琴が扱われている谷崎潤一郎の『春琴抄』の懐古物語形式の影響であると横溝自身が語っている。トリックに関わる小細工のすべてを琴に結びつけることで怪奇幻想色を演出するとともに、田舎町の本陣という日本の古い伝統を背景に置くことで、重苦しく怪しい雰囲気を作り上げた。この横溝の作風は本作に始まり、後続の『獄門島』や『八つ墓村』で完成された。

作中、金田一耕助は、A・A・ミルン の『赤い館の秘密』の素人探偵アントニー・ギリンガムに似ているという描写があるが、後年横溝は、ギリンガムがこの一作だけなので、金田一耕助も『本陣』一作だけのつもりだったと語っている。『獄門島』で金田一が再登場した経緯は、本作の連載中に『宝石』の編集長・城昌幸から「次の作品を書け」との依頼があり、新しい探偵を考えるのが面倒という理由で金田一を再登板させることになったというものである。金田一とその後何度もコンビを組むことになる磯川警部も本作に同時に登場している。

作品の最後は、作者による、作品冒頭の言葉遣いがアンフェアな叙述トリックではないという説明に費やされたり、作中、海外探偵小説の密室のトリックについて「探偵小説論争」が行われたりと、探偵小説批判が盛り込まれているのも本作の特徴となっている。

佐藤友之『金田一耕助さん・あなたの推理は間違いだらけ!』（青年書館）の中で「克子が処女でなかったことに嫌悪し殺人まで計画した賢蔵なら、初夜に克子を抱くことはありえず、克子の方は初夜に自分を求めない賢蔵に対して、"やっぱりこの人は私を許してはくれていないんだ"と、考えて悶々として眠れない夜を送ったはず。従って、克子は夜中に賢蔵のただならぬ気配に気がついたはずで、寝ているところを賢蔵が刺し殺すことは不可能。」と、いう点が疑問として指摘されている。

本作中では、村・川・駅の名前の漢字がそれぞれ伏字となっているが、川―村、岡―村、総―町、清―駅、高―川については作中設定に合致する実在地名（川辺村・岡田村（ともに現・倉敷市）、総社町（現・総社市）、清音駅、高梁川）が存在する。久―村は久代村（現・総社市）に相当するとも考えられるが、清音駅よりも総社駅の方が近い（清水京吉が清音駅から久代村を目指すのは不自然）という問題がある。

一柳家のモデル宅は、岡田村字桜部落（現・真備町岡田）にある横溝正史疎開宅に近い西側に、本家分家がどっしりと棟を並べて村人たちから「大加藤」と呼ばれている加藤家の屋敷の本家で、もとは川辺村で本陣を構えていたが、1893年（明治26年）の高梁川大氾濫で桜部落へ移ったと、横溝の妻・孝子が記している。

• 清音駅（総社市）左側に金田一耕助の顔出しパネルが立てられている。
• 一柳家のモデルとされる邸宅跡地（倉敷市真備町岡田）
• 川辺本陣跡の石碑（倉敷市真備町川辺）川辺本陣は明治26年の大洪水で流出した旨が、説明板に記載されている。

1937年（昭和12年）11月25日、岡山県の旧本陣の末裔・一柳家の屋敷では、長男・賢蔵と小作農の出である久保克子の結婚式が執り行われていた。式と披露宴は、賢蔵の妹・鈴子が琴を披露するなどして何事もなく午前2時前にお開きとなった。

その2時間ほどのち、明け方に近くなった頃、新郎新婦の寝屋である離れ家から悲鳴と琴をかき鳴らす音が聞こえてきた。父代わりに克子を育てた叔父の久保銀造らが雨戸を壊して中に入ると、賢蔵と克子が布団の上で血まみれになって死んでいた。しかし離れ家内には死んだ夫婦以外に誰もおらず、庭の中央には血に染まった凶器の日本刀が突き立っているほかには、披露宴終了直後に降り出して積もった雪の上にも犯人の逃げた跡がなかった。銀造は名探偵と見込んで自らが出資している金田一耕助が偶然家に遊びに来ていたので、彼を呼ぶ。

警察による捜査の結果、結婚式の直前に顔を隠し手袋をした3本指の男が一柳家を訪れ、賢蔵に「君のいわゆる生涯の仇敵」と署名した復讐遂行を示唆する手紙を託したこと、および「生涯の仇敵」と書かれた男の写真が賢蔵のアルバムにあったことが判明し、さらに日本刀についていた指紋と2日前に3本指の男が駅前で水を飲んだコップとの指紋が一致したため、3本指の男がその「生涯の仇敵」であり、犯人であると目される。しかし、夢遊病が疑われる鈴子が式の前夜に死んだ愛猫の墓に参っていたときに出くわしたと証言した以外、その足取りがつかめなかった。

やってきた金田一は、一柳家の三男・三郎の本棚いっぱいの探偵小説の存在に非常な興味を示し、三郎と探偵小説における密室殺人の論議を交わす。その夜、同刻に再び琴の音が響き、同じ離れ家で重傷を負った三郎が発見される。やはり庭に凶器の日本刀が突き立っていた。三郎は金田一との探偵小説論議がきっかけで密室殺人の秘密を暴くべく離れ家に来たところ、不審な男に斬りつけられたと証言する。

そんな時克子の友人が訪れ、克子とかつて交際のあったある不良青年が犯人に違いないと主張する。その男と「生涯の仇敵」の写真の男が別人なので警察は混乱するが、金田一は、克子が処女でないことを賢蔵に打ち明けていたということを知って事件の大筋に見当をつけ、鈴子の愛猫の墓から手首から切り落とされた3本指の手を発見。さらに家の近くの炭焼き窯から3本指の男の死体を発見する。

金田一は一同を事件現場に集め、事件のトリックを再現してみせた。水車に結びつけてあった糸に引かれて、凶器の刀は雨戸上部の欄間より外に出、幹に刺さった鎌で糸を切られ、地面に刺さるという仕掛けなのであった。事件のたびに琴が鳴らされたのは、琴糸をその通過経路上にある叢竹が弾いて音を鳴らしてしまうことをカムフラージュするためであった。賢蔵は、克子が処女でないことを知って婚約を破棄したかったが、小作農の娘がゆえの周囲の猛反対を押し切っての結婚だったので、「それ見たことか」と笑われるようなこともプライドが許さないことから、自分に苦悩をもたらした克子を殺し、自らも死ぬ計画を立てたのであった。しかし、自殺したというのもまた自己の敗北を認めることになるため、自分も殺されたと装えるトリックを考えたのであった。さらにトリックの実験現場を見られたため三郎を共犯に引き入れ、探偵小説好きの知恵を借り、殺人に見せかける細工を付加した。賢蔵の死亡保険の受取人になっていた三郎は、自殺では保険金が受け取れないこともあって協力した（ただし克子を殺すことは知らなかったと主張）。3本指の男は単なる通りがかりに衰弱死したところを賢蔵に偶然見つけられ、犯行の予行実験に使われたり、切られた手首をスタンプとして使われたり、持っていた運転免許証の写真を「生涯の仇敵」として仕立てあげられたりしていたのであった。賢蔵の誤算は、殺人に見せるために雨戸は開けておくつもりで犯人と思わせる足跡も庭につけていたのだが、雪が積もってしまいそれが無駄になってしまったことであった。金田一は、雨戸を開けなかったのは賢蔵の最後の自棄であったと推測する。鈴子が事件のあった次の夜に出会った相手は3本指を掘り出していた三郎で、夢遊病を起こしてふらふらやって来た彼女を3本指で驚かせたものであった。三郎の負傷事件は自演で、探偵小説論議における金田一の「密室殺人も機械的トリックは感心しない」という言葉への挑戦で行ったものであった。

1945年、3月10日の東京大空襲におどろいた義理の姉からの疎開のすすめに応じて、43歳の横溝は吉祥寺の家を引き払い、夫人と3人の子供を連れて、親戚の手引により、4月1日に両親の出身地に近い岡山県吉備郡岡田村（現・倉敷市真備町岡田）字桜に疎開した。

疎開先で横溝は、敗戦に終わったときの日本の将来への不安もあったが、探偵小説に対する理不尽な圧迫も解消される時代が来るのではないか（第二次世界大戦中は軍の指示によって探偵小説は禁止されていた）、そうなったら瀬戸内海の島を舞台にしたものなど本格探偵小説を書いてみたいという希望も抱いていた。「終戦の詔勅」を聞いたあとは「さぁ、これからだ！」と再出発に奮い立ち、「それからのちの私は、本格探偵小説の鬼であった」と述べている。

まもなく同級生の兄で本格探偵小説マニアの西田政治（1893 - 1984 作家・翻訳家）が神戸から海外探偵小説の古本を送ってきてくれるようになり、それを吸収しながら静かに田舎で準備を整えだした。村に復員してきた学生たちは、作家横溝がいることを知って遊びに来るようになり、横溝は思いついたトリックなどを語って聞かせていたが、そのひとり藤田嘉文という青年から彼の出身校の岡山一中に伝わる「琴の怪談」を聞き、「琴というロマンチックな小道具」を利用しようと思いつく。また、両親がこの近在の出であったため（先祖の墳墓も南方一里にあった）横溝一家は「よそもの」扱いされることはなかったが、地方の村では「都会では死語にひとしい『家柄』という言葉が、いまなお厳然と生きており」、「『よそもの』に対する排他精神や警戒心が、都会人には考えられないほど根強いことを知った」ことも作品に強い影響を与えることとなった。岡田村には旧本陣の末裔が今も資産家として大きな屋敷を構えており、地方の古めかしい家柄というものも横溝の興趣をそそった。

年が明けた1946年、横溝は『宝石』の城昌幸編集長から長篇執筆の依頼を受け、念願の本格長編探偵小説の第1作『本陣殺人事件』が誕生した。横溝にとって「戦後初の長篇」でもあった。

出版社に送った第1回の原稿では、「本陣」では一般読者にわかりにくいのではないかということで『妖琴殺人事件』という題を付けたが、自己の戦前の作風が連想されることを忌避し、また新たな出発のために、「本陣」については第2回以降で説明を加えればよいと思い直して原稿を送った後、電報で題名変更を伝えた。当初の執筆条件は「毎回26枚、6回連載、全部で150枚の長篇」であったが反響も良かったため、結果的に連載は8回、枚数的には倍の長さとなった（起稿は1946年2月25日、脱稿は同年10月7日）。連載中、横溝は既知未知の多くの人々から激励の手紙をもらい、「日本でも論理的探偵小説が、必ずしも歓迎されなくはないことを知って、大いに意を強うした」という。

本作は完結後に「土曜会」の席上で詳しく吟味検討され、特に江戸川乱歩により綿密に解剖され、長所短所を指摘した評論の中で、欠点として「殺人の動機について、読者を納得させるところが不十分である」という指摘がなされた。横溝自身もこの部分は不満を感じていたのでのちに加筆され、それが決定稿となった。

• 1948年第1回探偵作家クラブ賞を受賞。
• 田中潤司は作者作品ベスト5を選出した際、本作品を2位に挙げ、作者もこれを「妥当なもの」としている。
• 『週刊文春』が推理作家や推理小説の愛好者ら約500名のアンケートにより選出した「東西ミステリーベスト100」の国内編では、本作品は1985年版で7位に、2012年版で10位に選出されている。
• 横溝を世界ベストファイブ級の才能と激賞する坂口安吾は、終戦後の作品で最もつまらないのが本作品であると述べている。

• 本陣殺人事件（青珠社、1947年）
• 横溝正史集 探偵小説名作全集4（河出書房、1956年5月）
• 獄門島 横溝正史全集3（講談社、1970年）
• 本陣殺人事件（角川書店、角川文庫、1973年4月、ISBN 4041304083）
• 本陣殺人事件 横溝正史全集5（講談社、1975年3月）
• 横溝正史集 日本探偵小説全集9（東京創元社、創元推理文庫、1986年1月、ISBN 4488400094）
• 岡山 ふるさと文学館39（磯貝英夫 編、ぎょうせい、1994年6月、ISBN 4324038066）
• 本陣殺人事件 日本推理作家協会賞受賞作全集1（双葉社、双葉文庫、1995年5月、ISBN 4575658006）
• 本陣殺人事件 金田一耕助ファイル2（角川書店、角川文庫、1996年9月 ISBN 4041304083）
• 本陣殺人事件（他2編 、春陽堂書店、1997年12月、ISBN 4394395275）
• 本陣殺人事件 蝶々殺人事件 横溝正史自選集1（出版芸術社、2006年12月、ISBN 488293308X）

他多数

小説発表の翌年の1947年に、早くも映画が製作・公開されているが、このとき片岡千恵蔵が演じた金田一は、戦前からの名探偵（明智小五郎など）のイメージを踏襲したスーツ姿で登場する。1975年の2作目の映画版は設定年代を制作当時とし、中尾彬が演じた金田一は原作の書生スタイルを現代に移したジーンズ姿となった。

• 大坪直行（角川文庫『本陣殺人事件』解説、1973年）