上司の羽瀬喜一から呼び出された冨永真一と藤山あゆみは、厚生労働大臣の越村みやびの受託収賄の捜査を命じられる。越村みやびは、清廉潔白が売りの次期総裁選の有力候補で、日本初の女性総理になると言われる人気絶大な女性議員だ。しかし、楽田恭平から得た賄賂を社会福祉改革の法案成立のために、反対する議員に金をばら撒いた疑惑があるという。

冨永は藤山とともに越村みやびを賄賂罪で告発するという片岡と会う。しかし、頼りない証拠品と、CFOを解雇になった片岡が依頼したという宮崎穂積弁護士の発言に疑念を深める。はっきりした証拠が掴めないまま、羽瀬から捜査中止を申し渡される。取り下げるはずがない片岡が告発を取り下げたというが、釈然としない冨永は捜査を続ける。

『巨悪は眠らせない 特捜検事の標的』（きょあくはねむらせない とくそうけんじのひょうてき）のタイトルで、2017年10月4日21時 - 22時48分にテレビ東京系で放送された。主演は玉木宏。2016年10月5日に放送された『巨悪は眠らせない 特捜検事の逆襲』の続編として放送される。