アニメ作品群「ガンダムシリーズ」と『伝説巨神イデオン』を題材とするクロスオーバー作品。バンダイ出版課の漫画雑誌『サイバーコミックス』No.23 - 26に『ガンダムVS伝説の巨神』（ガンダムたいでんせつのきょじん）として連載された。その後、単行本化の際に現在の題名へと改められている。

宇宙世紀を舞台にしており、本作が執筆された1990年におけるテレビアニメ『機動戦士ガンダムΖΖ』と劇場アニメ『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』の期間をつなぐ「仮想作品」として描かれている。

ある時、長谷川は友人のこやま基夫にガイナックスの忘年会へ誘われる。そこで知り合った『サイバーコミックス』の編集者にガンダム漫画の執筆を依頼され、年明けに正式な依頼の電話が来た。この時、編集者は「サンライズはもうアムロもシャアも使わないから好きに描いていい」と述べたというが、長谷川は「自分の気を削がないように言ってくれたのかもしれない」と回想している。

長谷川は学生時代に考えていた「ガンダムVSイデオン」を描きたいと話したが、編集者にはギャグ漫画と思われたらしく、大笑いされた。さすがに「ガンダムVSイデオン」はまずいということで「ガンダムVS伝説の巨神」というタイトルとなった。話数は全3話を予定していたが、収まりが悪かったため全4話となったという。

発想は「東映まんがまつり」の『マジンガーZ対デビルマン』などと同様のものであり、長谷川には同じ制作会社の作品は対決するものであるというイメージが何となくあった。また、終盤のジュドー・アーシタの台詞には『無敵鋼人ダイターン3』からの引き写しがある。

宇宙世紀0091年、木星圏で働いていたジュドー・アーシタは、地球からの船と共にやって来たアムロ・レイの来訪を受ける。アムロは木星圏でジオンの残党が100メートル級の超大型モビルスーツを開発しているという動きを察知し、それを阻止すべくやって来たのだという。その超大型モビルスーツらしきものは、木星出身の小説家ヨシユキ・トミノのフィクション作品に登場する人型ロボットにちなんで「伝説巨神」というコードネームで呼ばれていた。アムロは漠然と、小説の中で人類を見限り宇宙を滅ぼした「伝説巨神」は実在すると考えていた。

アムロの部下であるシマ・八丈と鉄面皮、そしてモビルスーツ「メガゼータ」に乗るジュドーとアムロの4名は、小惑星の背に固定されている「伝説巨神」とジオン残党の基地を発見。シマと鉄面皮が囮になり、その隙にジュドーとアムロが「伝説巨神」の内部に乗り込むも、助けを求める何者かの声を感じ取ったジュドーは単独行動を開始し、やがてサイコミュ装置に繋がれ囚われていたミネバ・ザビを発見する。ジュドーはミネバを連れて脱出しようとするが、基地司令官のヒトーリンが、ジュドーこそがミネバの敬愛するハマーン・カーンを殺害した張本人であると吹き込む。そして、ミネバの絶叫と共に「伝説巨神」は動き出す。

「伝説巨神」はヨシユキ・トミノの小説に登場する巨神そのものであり、巨神が夢として見せた「警告」を書き留めたものがヨシユキ・トミノの小説であった。全てを圧倒する巨神の力にジュドー、アムロ、シマ、鉄面皮、そしてシャアが苦戦を強いられる中、ジュドーは巨神に取り込まれたミネバの救出を試みる。

再び巨神の中に潜入したジュドーは、彼を「かつて有機宇宙（ユウキ・コスモ）だったものの一部」と呼ぶ者、「無限力」の声を聞く。無限力はかつて、宇宙そのものをも終局に導くほどの激しい争いを繰り広げていた二つの民の憎しみを利用して自ら宇宙を滅ぼし、その後、人が再び過ちを犯さないように「互いにわかり合うための力」を分け与えた。だが、人はなお争いをやめなかったため、再び宇宙を無に帰そうとしているのだという。無限力はこれを「死」ではなく「やり直し」だとし、受け入れることを強要するが、ジュドーはこの考えを否定する。

ミネバはジュドーによって救出され、巨神はアムロとシャアの攻撃で破壊される。戦いの後、アムロはシャアとの戦いのため地球圏に戻り、ミネバはアムロの図らいにより「ミネバ・アーシタ」としてジュドーの元に残される。

• 機動戦士VS伝説巨神 逆襲のギガンティス（ノーラコミックスデラックス〈学習研究社〉） - ガンダムとは無関係のSF短編『わかりすぎた結末 あるいは失笑した宇宙 もしくはキャプテン・オーマイガーの華麗なる挑戦』との併録。
• 全1巻完結（1992年12月6日発行） ISBN 4-05-106152-3
• 機動戦士Vガンダム外伝（角川コミックス・エース〈角川書店〉） - 『機動戦士Vガンダム外伝』との併録。
• 全1巻完結（1995年11月7日発行） ISBN 4-04-713119-9
• 機動戦士Vガンダム プロジェクト・エクソダス（角川コミックス・エース〈角川書店〉） - 前者の表題作を、内容はそのままに改題した改題版。本来はあとがきが追加されるはずだったがミスにより記載されず、長谷川のブログで公開されている。
• 全1巻完結（2012年7月25日発行） ISBN 4-04-120375-9

• 全1巻完結（1992年12月6日発行） ISBN 4-05-106152-3

• 全1巻完結（1995年11月7日発行） ISBN 4-04-713119-9

• 全1巻完結（2012年7月25日発行） ISBN 4-04-120375-9

ロボット作品のクロスオーバーゲーム『スーパーロボット大戦シリーズ』のプロデューサーである寺田貴信は、本作を「クロスオーバーものの教科書」と評している。

「このマンガがすごい！WEB」では、「イデ」「ニュータイプ」という両作品のテーマを「木星」を軸として繋げた長谷川の想像力を評価している。

本作の他にも、小説家の福井晴敏が、『伝説巨神イデオン』における無限力「イデ」の依り代であるイデオンの装甲材質「イデオナイト」が、『逆襲のシャア』を初出とする材質「サイコフレーム」と同じ性質を持つものであるとして、『イデオン』と『ガンダム』の関連性に言及しており、自身が関わった『機動戦士ガンダムUC』『機動戦士ガンダムNT』『機動戦士ムーンガンダム』にイデオン的な解釈でのサイコフレームを登場させている。『ガンダムΖΖ』完結後のミネバ・ザビを登場させているのも本作と共通する。ただし先行する本作とは登場人物の設定などに相違もみられ、整合を図るような描写は一切ない。

後年に制作されたOVA『GUNDAM EVOLVE』では、ジュドーはΖΖガンダム（のパーツ）を木星に持ち込んでいるという描写があるが、本作に登場するメガゼータはプロトタイプΖΖガンダムを改修した機体という設定であり、『ガンダムΖΖ』本編でジュドーが乗っていたΖΖガンダムの所在については言及されない。

なお、本作の単行本に併録された長谷川による漫画『機動戦士Vガンダム プロジェクト・エクソダス』（別題『機動戦士Vガンダム外伝』または『機動戦士Vガンダム外伝 脱出計画編』）では、ΖΖタイプの頭部を持つ老朽化したモビルスーツ「ガンプ」が登場するが、頭部形状はメガゼータとガンプで異なっている。ただし、『プロジェクト・エクソダス』巻末の設定資料では「ΖΖはハマーンとの最終決戦で大破したはずであり、ガンプと同一の機体ではありえない」という旨の記載がある。

長谷川の考えでは本作と『Vガンダム外伝』は繋がっており、メガゼータがガンプになったと「思えば思える」内容になっているが、本作をなかったことにしても『Vガンダム外伝』が成立するようにはなっている。

• 稲葉振一郎『オタクの遺伝子 長谷川裕一・SFまんがの世界』太田出版、2005年3月3日初版発行。ISBN 4-87233-869-3。 
• 長谷川裕一『機動戦士Vガンダム プロジェクト・エクソダス』角川書店〈角川コミックス・エース〉、2012年7月26日。ISBN 978-4-04-120375-0。 
• 『月刊ガンダムエース』2018年5月号、角川書店、2018年。