高校2年生の少年黒間イツキは、唯一つ誰にも真似できない特技があった。それは、人が話すのと同じ速度で文字を書くことができる、高速筆記能力。イツキはその特技によって彼のクラスの書記に任命されており、幼馴染でクラスの人気者の委員長矢口未耶と共に、平凡ながらも楽しい学校生活を送っていた。

そんな彼を悩ませる、狂気の夢。その中で出会った、メイド服の美しい少女リヴル・ブランシェと、幼女の女神エレシュキガル。彼女たちがいるのは、現実世界から消え去った書物を所蔵する書物の墓場死想図書館。この図書館には危険な魔導書なども封印されていたのだが、なんとエレシュキガルが風邪をひいたせいで力が弱まってしまい封印されていた二百余りの蔵書が脱走。その再封印をイツキに手伝ってほしいという。

こうして、いつ果てるとも知れない、魔導書たちと、死想図書館の『筆記官』（ライター）の黒間イツキとその従僕リヴル・ブランシェとの戦いが始まったのであった。

死想図書館には多数の死書が所蔵されており、その記述を真白き本に書き込むことで記述された事象を具現化できる。だが、その具現化には筆記官の正確なイメージが必要とされ、筆記官には精密な想像力が必要とされる。