小学館の漫画雑誌『月刊コロコロコミック』にて、1996年5月号より1999年4月号まで3年間連載。単行本はてんとう虫コミックスで全9巻が刊行された。キャッチコピーは「本格推理まんが」。当初は読切作品として掲載されており「秘密探偵ホームズ」のタイトルで『月刊コロコロコミック』1996年2月号に掲載。

当時から人気を博していた『名探偵コナン』の人気に引っ張られる形で好評となり連載となった。読切前は「少年探偵クラブ ホームズ」と予告されていた。

コロコロコミック掲載時は、物語が前半（事件編）と後半（解決編）の二部に分かれ、その間に他の連載漫画が差し込まれる構成だった。毎年夏にはプレゼントつき犯人当てクイズを行う2ヶ月続けての物語も掲載されていた。

「影の警察」と呼ばれる秘密警察＝警視庁秘密捜査課。一部の警察、事件関係者を除き、その正体を知る者は少ない。なんとその実態は西鍵健一（ホームズ）、北原真古（マープル）、明石小五郎（コゴロー）の3人の小学生で結成されている特殊捜査チームだったのだ。彼ら3人が力を合わせればどんな難事件も解決に導く。

25話「黒い羽の呪ばく」から最終話（36話）までは、従来の一話完結（あるいは前後編）形式を維持しつつも、美術品を狙う世界的な犯罪組織「ダーク」や、その一員である12歳の少年怪盗、アルとの対決を扱った回が大半を占めるようになっている。

読切版はメインキャラクターの作画が連載版と大きく異なっており、単行本第1巻に読切版が第1話として収録されるにあたっては大幅な修正がほどこされた。コゴローなどはほとんどそのままの顔で使用されているものの、ホームズ・マープルは顔つきが大きくなり頭身が若干低めになるなど、連載版に近い作画へ描き直されている。

また、連載当初のホームズの作画も読切版に近く、キャラクターの作画が安定するのは単行本第2巻掲載分の頃からである。なお、コミックス4巻にて読切版のホームズのイラストが「昔のホームズ」として掲載され、現行のホームズが自身とそれを見比べるカットが描かれている（p.94）。また、5巻に掲載されたおまけマンガ「いきなりメイキング・オブ・ホームズ」では読切版の扉絵を見ることができる（p.94）。

『秘密警察ホームズ』（てんとう虫コミックス、小学館、全9巻）

作画：犬木栄治、原作：立神敦

てんとう虫コミックス版は品切れとなっている。コミックパークで「小学館オンデマンド・コミックス」版が販売されていたが、2022年9月20日火曜日にサービスを終了し購入できなくなった。2023年3月13日に電子書籍版が発売された。下記のリストの発行年等はてんとう虫コミックス版のデータ。

単行本でのエピソードの収録順は、雑誌連載時の順序と多少異なっている。

謎その4「「赤い絵」殺人事件」は単行本では一話にまとめられているが、雑誌掲載時は1996年7月号に前編、8月号に後編が掲載される形式だった。