主人公。8年前に家が強盗に襲われた際に、自分以外の家族全員を殺され、そのストレスから髪の色素が抜け白髪になっている。事件以来、他人との関わりを避けるようになり、能力を得てルビーアイに遭遇したことを機に「ルビーアイ根絶を遂げた後、自分を知る人間全てから自分の記憶を消してもらう」ことを条件に組織に加わる。
コードネームは《孤独者（アイソレータ）》。全身を透明な《殻》で覆い、外部からのあらゆる攻撃を防ぐことができる、一部の人間を同時に殻の中に入れることもできる。教授からのあだ名はミッくん。

本作のヒロイン。ルビーアイ所有者への対処を専門とする《組織》に所属している少女。《咀嚼者》を追う途中ミノルと出会い、ジェット所有者である彼を《組織》に迎え入れる。
コードネームは《加速者（アクセラレータ）》。音速を超える《速さ》で動くことができる。自身が触れているものに対しても効果を及ぼすことができ、バイクなどに乗りながら使うと更なるスピードで走行できる。反面、直線的にしか動けず小回りが利かないという弱点がある。《ルビーアイ》所有者との戦闘ではスタンバトンを用いた白兵戦で戦う。教授からのあだ名はユッコちゃん。

小柄な少年で、いつもキャップを被っている。DDは教授につけられたあだ名で本名は大門伝二郎（だいもん でんじろう）、オリヴィエからはD&Dと呼ばれている。
コードネームは《探索者（サーチャー）》。通常のサードアイ保持者よりも遥かに広範囲の能力使用を感知できる。

《特課》の課長。30代後半くらいの年齢の男性。
コードネームは不明。人の記憶を操作する能力を持つ。仕組みは不明だが、認識を阻害する結界も作れる。

《特課》の課長代理兼作戦指揮官。よく、教授と呼ばれる。小学四年生で年相応に幼い外見の少女だが能力によって優れた頭脳を得ている。あだ名は教授で、白衣を羽織り大人びた口調で喋る。
コードネームは《思索者（スペキュレータ）》。能力は答えのある疑問ならほとんどの疑問にすぐに答えを出せるというもの。

日本人とフランス人のハーフの男子高校生。飄々とした性格の美形でゲームが大好き。
コードネームは《分断者（ディバイダ）》。大抵の物体を分断できる能力を持つ。

斎藤オリヴィエの妹。とあるルビーアイ捕獲任務にて突如現れたトランサー、そして謎のルビーアイによって連れ去られた。
コードネームは《星を見る人（スターゲイザー）》。真夜中にしばらく空を見ると、次の日の出来事を一つだけ予知できる。

不明。ミノルからは謎のドイツ人と評されている。

複数の姿を持つ、『組織』最強の能力者。
識別名は《液化者（リキダイザー）》。あらゆる固体を液化することができる。

識別名は《凝結者（トランサー）》。水を瞬時に凍らせることができる。

人の記憶を覗く能力者。

招待も目的も不明の《ルビーアイ》。
識別名は《刺殺者（スティンガー）》多彩な能力を操り、《特課》のみならず《組織》の能力者をも襲撃する。

グルメ評論家の青年。「噛む」ということに強いトラウマと欲求を抱いている。
識別名は《咀嚼者（バイター）》。頭部を鮫のような形に変化させて驚異的な咬合力を発揮する。

識別名は《発火者（イグナイター）》。酸素を操る能力を持つ。

ミノルの義姉。明るく陽気な性格で、ミノルが唯一心を許している人物。夕飯を作っているときに《咀嚼者》に誘拐されるが、ミノルの活躍により無事保護された。

ミノルの通う高校の陸上部に所属している女子。ミノルとは同じ中学だったが、髪型が変わっていたためミノルは気づかなかった。早朝のランニングでミノルと出会い、交流を深めていくが、これがミノルが闘いに巻き込まれるきっかけとなる。《咀嚼者》に目を付けられ襲われるが、ミノルとユミコによって助けられる。その際機密保持のためミノルとの記憶も消されてしまう。