本作の主人公。鼻の頭に古傷のある17歳の少年。五分袖ワイシャツに動きやすいズボン、そして顔認識阻害用の柄を仕込んだ大きめのマフラーを纏う。駄菓子ハッピーチャーンの熱烈な愛好者であり、それで食事を済ませてしまうかなりの偏食家。忍者の様式美に拘るタイプの凝り性。『最後の事件』を機に、『王国』からは国賓として扱われている。
かつては『隠れ者』として名を馳せた忍であり、海外へ渡る行為が弾道ミサイル発射と同等の政治的意味を持つ「バリスティックステルス」とも称される伝説の持ち主だった。しかし『最後の事件』で負った負傷の治療により背骨にボルトを3本挿し、両足の千切れた靭帯もスプリングで補っている。物理的な要因というより心因的な理由で5kg以上の負荷で背骨に違和感が生じ、10kg以上で激痛が伴う状態。そのため現在は現役の忍者稼業を引退し、自身の夢であった教導訓練役として道を歩み直して、4人の少女達を弟子に取り育てている。
上述のように現役時代に比べ満身創痍のコンディションであり、自身が弱い事を自覚している。しかしそれでも最上忍を圧倒する隠れ者の技量は健在であり、鎧武者との正面対決でも圧倒できる戦闘能力を発揮している。手裏剣の投擲は35m先の標的を精密に射抜く事ができる。重量に関する肉体的ハンデがあるため、現代の忍者にしては珍しく忍装束を纏う事ができず運動能力の補助を受けていない。
使用武器は服の袖に仕込んだ空圧クナイ『暴牙（ぼうが）』。合金製クナイのグリップに瞬間窒素発泡剤のカートリッジを装填する忍具であり、ダイヤルで作動時間を調整すると最大荷重圧力15tで先端部が開き対象を強引にこじ開ける。肉体的ハンデを伴う杉宿が、重さや速度を必要とせず精密ささえあれば火力を発揮できる武装として『救罰』の機構をダウンサイズさせた自作兵器。
現役時代には忍刀『救罰（きゅうばつ）』を使用していた。外観は飾り布の長い黒鞘で反りのない日本刀であり、一般的には刀身の短い忍刀とは逆にむしろ刀身が長い。鞘を含めた総重量は8.7kgであり、衣服を合わせた重量を鑑みると他の忍具の一切を捨てなければ現在の杉宿の肉体では取り扱う事ができない。『救罰』は鞘の内部に同じ長さの圧縮窒素式の杭打ち機を仕込んだ機構で、頭上への垂直飛びで10m以上も跳び上がる推進力を発揮する。攻撃用途ではなく機動力の補助に重きを置いた忍具であり、これにより空中移動や姿勢制御を行う。長い飾り布の先には鋼の錘が付いており投げ縄の要領で扱う事ができる他、折り畳んで広げる事で落下傘のような運用も可能。刃はワイヤーカットを想定した分厚いタングステン鋼。

栗色の大きな髪をツインテールにしている、14歳程度の最上忍のくノ一。全身スーツの上から白い袖なし和装や前垂れを足し、腰の後ろから猫の尾のように赤い縄を伸ばした忍装束。根は真面目で料理が得意。
使用武器は銃剣付き選択式上下2連猟銃『夜嵐（よあらし）』。杉宿の弟子くノ一4人の中では直接戦闘を担当する。彼女の自作武器である『夜嵐』は、火、水、風、土、その他全ての攻撃を賄う大火力を発揮する。逆に、火力の高さで味方を誘爆させないよう配慮した戦い方を取る。砲身内部にライフリングが刻まれていないため、遠距離狙撃の際は弾丸に尾翼をつけて弾道を安定化させている。

長い赤毛を豪華な縦ロールにして頭の横でお団子を作り、花魁風の真っ赤な和装を纏うグラマラスで長身な18歳の最上忍のくノ一。元は由緒ある公家の家柄だが実家が家の取り潰しにあい、その後に杉宿の弟子になる。人生の転落から拾いあげ新しい道を示してくれた杉宿に恩義を感じている。
変装、迷彩、他認識介入のエキスパートであり、暗殺タイプ。縦ロールの髪に18本もの強力な電磁石とソレノイドコイルを仕込み、鉄芯を射出するコイルガンのような機構となっている。各種の薬品と溶かした砂糖で練り合わせた毒針『飴針（あめばり）』と、鋼に劣化ウランを織り込んだ装甲貫徹畳針『極砲（きょくほう）』（最大出力でマッハ7.5）の2種類の鉄芯を合わせて『妖蛇（ようだ）』と恐れられている。さらに、特殊な溝で犬笛のように超音波を撒き散らす『耳鳴（みみなり）』、髪筒から鉛や亜鉛の粉末を撒き爆炎の輻射熱をコントロールする『光圧（こうあつ）』、遠近感を狂わせるカラフルな粉末『目眩（めまい）』という技も有する。電磁石に通電するのために大容量リチウムイオンバッテリーをぶかぶかの服の下に隠している。

スラリとした長身で、長い銀髪ポニーテールの最上忍のくノ一。16歳。各所をベルトで縛ったワンピース水着に男性用忍装束のようなぶかぶかズボンを足した恰好を平素から着込んでいる。ガジェットマニアであり、家電のカタログなどを眺めるのが好き。杉宿の弟子くノ一4人の中では随一の機動力を有する。ロープや梯子の使い方も上手い。
使用兵器は可変式の十徳オフロードバイク『万禍（ばんか）』であり、身内からは曲芸師と呼ばれている。杉宿の弟子4人のくノ一の中では、潜入先のルート構築が役割。ビル間を飛び跳ねたり、綱渡りしたりなど巧みな操縦が可能。鞄のように変形させて携行もできる。また、変形すると前輪と後輪が噛み合いピッチングマシンのような機構となり、50g程度の特殊鋼の十字手裏剣を挟んで分間3600発で発射する投擲機となる。最高速では音速を超えるが、その場合は鬼灯自身にもソニックブームの反動を受けるため敢えて亜音速にまでレベルを落としている。十字手裏剣の畳み方で速度やコースの変更が可能。

11歳の小柄な最上忍のくノ一。黒髪おかっぱでロングブーツを穿く、タイトスカートを白抜きしたぶかぶかの軍服を纏う。天才肌だが何事も飽きっぽく長続きしない性分。両親とのコミュニケーション不足が原因で引き籠りとなる中で杉宿と出会い忍者を目指した。
情報の出し入れ、駆け引きのスペシャリストであり、ハッカーまがいの技術も有する情報収集専門。直接戦闘能力は持たないが、敵同士の誤射や仲間割れなどで攪乱するのが得意。

瓜二つの容姿をした16～17歳程度の双子の上忍のくノ一。姉が紅蓮、妹が睡蓮。金髪セミロングの髪に、白と赤のエクステンションや花飾りで姉妹の個性をつけている。白の袖なし和装と短いプリーツスカートを組み合わせチアリーダーのような恰好をしている。
二人で連携すれば最上忍を圧倒する戦闘力を発揮する。電磁力を利用し忍刀、鎖鎌、棒手裏剣などをプログラムでリモート操作する『鋼縄（こうじょう）』という技を持つ。
元は海外国籍だったが、飛行機事故により鎖国下の日本に滞在し生活を余儀なくされる。日本人ではない自らの居場所を保証するため忍者になる道を選んだ。

第52代征夷大将軍。

年俸100億のトップアイドル。

『王国』の騎士。英国紳士というよりアメフト部が似合うような大柄な金髪男性。フライトスーツを纏っている。一人称は「オレサマ」。『最後の事件』を機に杉宿との親交を持つ。駄菓子ハッピーチャーンの熱烈な愛好者。

『王国』の女王陛下。ロングスカートの膨らんだ豪奢な肩出しドレスを纏う。日本が好き。一人称は「わらわ」。駄菓子ハッピーチャーンの熱烈な愛好者。
10歳の時に日本の新横浜藩の大学に留学した際、武家と騎士の両陣営から身柄を追われたところを杉宿とジョンに救われる。

全身スーツと白い袖なし和装や前垂れに、両サイドが大きく開き腰の後ろがコートのように長い忍装束を纏う黒いロングヘアの少女。全体的に手術衣や古代の女王に見える恰好で、妖艶で蠱惑的な雰囲気を纏う。善悪の線引きがズレている狂気的な発想の持ち主。『隠れ者』であり、『最後の事件』で杉宿を再起不能にした張本人。
幕府により生み出され、脳や心臓を中心に計88ヶ所が改造されている本物の超能力者。頭蓋の内側を金属箔で覆って外敵電磁波の影響を完全に断ち、心臓にペースメーカーを埋め込み自覚的に心拍数を調整する事で極度のトランス状態を保つ。これによりサイキック能力『神命（しんめい）』を有し、ステルス戦闘機と同速の飛行能力や虚空から溶岩を生成しキロ単位の広さで操作する術などを持つ。一方で、人体改造パーツが少しの衝撃でズレただけでも致命傷レベルで内臓が損傷しサイキック能力が失われるため、自身で地面を歩行する事すらもままならず常に滞空している。また、30cm程度の匕首を懐に忍ばせており、これによる近接戦闘も可能。
繰り返される人体実験や幕府の厳重な管理なくしては生きられない自身の体に閉塞感や絶望を抱いており、自由を欲する中で自身の理解者として杉宿を選び、敵対行為によるコミュニケーションを図った。

網走の特殊刑務所に収監されている模範囚の老人。元々は忍具製造を生業としている武器職人だった。

新札幌藩の藩主代理を務める「花梨姫（かりんひめ）」。権謀術数の蠢く政の世界で生き抜くために忍者の道を学び、石垣衆として全てを修めた皆伝の称号を持つ20歳のくノ一。足首まである長い黒髪に十二単を纏う。村上道彦の子を身ごもる。
海楼甘藻の持つ技術を全て体得しており、忍具、容姿、所作を統一する事で甘藻を瓜二つの影武者のように扱う。十二単は可変式迷彩となっており、一瞬で周囲の風景に溶け込む事ができる。

本名は田中 春男（たなか はるお）。網走の特殊刑務所にて村上省三を襲った。

新札幌城の石垣衆300人の内の中核メンバー。16歳の上忍くノ一。純粋な土木掘削作業に特化した地形エフェクト攻撃の達人であり、流砂、泥沼、落とし穴、落石、土砂崩れ、火山活動、水蒸気爆発など地盤変化を駆使して禅譲を混乱させる。
手打ち鉄槌を得物とする。柄の中身は空洞になっており、火縄で着火して銃弾を発射する事ができる。

新札幌城の石垣衆300人の内の中核メンバー。12歳の上忍くノ一。閉所・暗所戦闘のエキスパート。低い背丈や短い手足を逆に活用し、障害物の多い屋内で獲物に張り付くような戦い方から「エネミーストーカー」とも呼ばれる。カーボンナノチューブ製の鎖帷子で全身を覆った上で胸当てや腰巻などをつけた忍装束を纏う。『嘴（くちばし）』と呼ばれる登山用ピッケルに合成繊維のロープを繋げた、鎖鎌にも似た忍具を得物とする。
エマルジョンを利用した特殊な樹脂装甲を有するパワードスーツを扱う。

新札幌城の石垣衆300人の内の中核メンバー。18歳の上忍くノ一。火薬を含む化学反応の専門家。鉄砲や発破以外にも、不完全燃焼などから煙幕や有毒ガス、さらに薬学や傷の手当にも転用する。長い黒髪を先で結わい、だらしなく着崩した巫女装束を纏う。

江戸から派遣された北海道エリア全域の外部監察役の忍者。鉄笛を得物する。

新札幌藩の藩主。財政不安に陥る度に軍備拡張と称して追加の予算を捻出して一般会計にあてがっていた。そういった舵取りがいつしか北海道エリアへキリル圏の『帝政』を実体ある恐怖として根付かせてしまっている。現在は娘の花梨に毒を盛られてしまい、彼女に藩主代理として実権を委ねてしまっている。

肌が透ける程薄いキャミソールの上から分厚いコートを羽織った金髪の美女。潜水艦の沈没事故で杉宿に救済されて以来、彼を「同志ソウハ」と呼び慕っている。
『帝政』所属のフロッグマン部隊『ネヴァ河の水妖』の構成員であり、水中行動の専門家。超高断熱スーツと最大48時間連続駆動する苛性ソーダ式の呼吸浄化器を使用し、上下水道、融氷パイプ、農・工業用水路、温泉の送水管などあらゆる液中に身を潜めて大都市を自在に移動する。

セミロングの金髪に、へそ出しジャケットとスパッツを着たくノ一。頭上に被った可動式の集音器により、耳ではなく頭蓋骨の振動で索敵を行える。電子強化型元素格子の猫手を得物とし、タングステン鋼すら紙のように切り裂く事ができる。

新札幌藩の『羆』一派の中で最も実力のあるくノ一。16~17歳程度で、長い黒髪をi本の長い三つ編みにした少女。顔半分を防塵マスクで覆い、袖なし和装の上着に体形を強調する細身のパンツを着ている。スポーツカイト『飛来』を得物とし、鋭利なワイヤーで攻撃を行う。周囲にドローンを旋回させる事で気流に干渉し、意図した風の流れを生み出して『飛来』の動きを補助している。
空調要塞『狂風』に設置されているリグナムバイタのAIを「先生」と慕っている。

諸外国の最新兵装に対抗するために、空手・柔道・剣道といった旧来の方式とは異なりゼロから戦術の基本を一新し実効性の高い個人戦術の組み直しを図った戦略格闘技（ストラテジックブロウ）。最先端古武術とも称される、奇術の延長線上のような技能。武家の剣術指南などは違い公的な道場や教育機関は存在しないため、一子相伝が基本となる。修練場もないため、自身の修練場を構築するところから技能の習得は始まる。

囀り（さえずり）

忍者が行う特殊な発声法。唇を動かさず、周囲の雑音に紛れるように話す。例え機材で録音しても、雑音と音声の波長が重なりすぎて解読不能となる。

影縫い

標的の影に短刀や手裏剣を刺して身動きを止める忍術。オカルト的な原理ではなく、「これ以上近づかれると圧を感じる」というパーソナルスペースを不当に犯し、表層意識が恐怖を感じるよりも早く瞬間的に精神を屈服させる技術。そのため拘束時間は短い。

変わり身

形状記憶合金と高分子吸水ゲルや電位伸縮式の繊維を織り込んだ装束により、自身の被弾時の姿の輪郭をその場に残す事で敵の視線を誘導する技術。

蝉飛び

意識喪失後に強引に自力で再覚醒を促す忍術。元々は気絶するまで数秒までに自身の筋肉を緩めて放尿し、漂うアンモニア臭を気付け薬のように扱う技。現在では奥歯に唐辛子などのカプサイシンを仕込み、薬効成分での意識覚醒を促す手法が用いられている。

蟲降り

虫が高所から墜落しても無傷であるように、高所からの落下に合わせて衝撃を殺し安全に着地する手法。発泡素材の籠手や脚絆などを利用して空気抵抗をコントロールする事で、地上500mからの地上数メートルまで一直線の降下だとしても、パラシュート無しで安全に着陸する事が神業。

現代では「伊賀」や「甲賀」といった由緒正しき血統などによる流派の区分はなく、様々な生い立ちを経て忍者にならざるをえなかった者達がなる。そのため、山賊や海賊が役人の許可を取り付けたもの、鉱山でトンネル掘りの腕を買われたもの、剣術で王道から外れて破門されたもの、花火師など火薬の扱いに特化したもの、大奥の支配者、幕府生え抜きの特殊部隊など多様な流派に分かれている。
幕府は「下忍」「中忍」「上忍」「最上忍」というランカー制度を定めているが、それでも推し量れない実力者は「隠れ者」と呼ばれる。

『穴』

鉱山開発に携わる生い立ちからの流れを汲んだ忍者。得意とするのはトンネル掘りを活用した侵入経路の構築と、スコップやツルハシから派生した特殊忍具の使用、閉所・暗所での極近接戦闘、爆薬の取り扱い。

武家の御紋を掲げた幕府の公式武力。武家に支給される武装。ガトリング砲、グレネード砲、面制圧ロケットランチャー等、火力が高すぎるため、国内での事件ではなく諸外国の銃士・騎士の迎撃任務を主とする。

対外特殊戦闘用ユニット、鎧武者参型『岳獣（がくじゅう）』

肉食恐竜のような外観の、陸戦規格のスタンダードな兵装。人体の上に装甲や駆動装置を大量に盛った総重量600キロの塊であり、人工筋肉と人体が癒着する程に独自の変異を遂げている。オーバーホールや機体のアップデートの際は大手術が必要になる。時速250キロでの高速機動が可能。重火器の他に、指から伸びるブレードとして刀と脇差しも搭載されている。

弐式騎馬『俊足』

鎧武者の下半身を前後二輪の走行ユニットに換装したような外観の二輪装甲車。武装は高速振動槍と、免震構造のバネに利用される特殊ステンレス製の超高弾性弓をアーチェリーのように一体化させた飛び道具。『帝政』の重戦車や六足型移動要塞へ正面から風穴を空ける事を想定して開発された高機動型対複合装甲兵器。

現代まで鎖国体制を続け科学技術の保護に努める日本の行政府であり、中央は天守閣。将軍家が征夷大将軍を拝命し、武家が運営を執る。現実世界のように廃藩置県が施行された歴史は本作にはなく、現在も藩に参勤交代を強いる、士農工商の枠組み等、江戸時代の名残のような制度が続きている。地方は50万石超の大名に統治を任せている。鎖国政策を敷きながらも、実際には外交窓口を欲しいのが実情。

日本の技術を狙い、軍艦や飛行空母を連れて海や空からやってくる諸外国の勢力。騎士が有人兵装であるのに対し、銃士は騎士とデータリンクする無人駆動の下位互換兵器。

騎士鎧『クラウソラス』

携行式城塞級パワードスーツ。銀の装甲と馬上槍のような外観のレールガンを備えた2～3mはあり14tを超える巨大な最新装脚直立兵器。他にも重量徹甲砲『モルゲンステルン』などの武装を有する。

現代の出島とも呼ばれる海上の埋め立て地。100万都市。陸路は「へその緒」と呼ばれる巨大な橋が1本あるだけ。鎖国政策を取る現代日本の中でも、様々な諸外国の文化が交差する独特の立地が特徴。インターネットも海外に開かれている。

OS一極支配の時代を終わらせた。国産ハードと新型オペレーティングの構築を行っている。

通常の学校教育では就職内定率は低く、いかに特殊な専門的な技能を習得できるかに将来が左右される時代になっている。飛び級さえ当たり前、「子供は学校」が差別表現にあたるなど価値観も大きく変わり、多重学歴時代とも称されている。そんな現代日本において、ネット環境を介し講師として特別授業を行う制度が社会に浸透している。教員免許は必要なくあくまで趣味実用の範囲のため種類は多岐に渡る。

第1～2巻のアニメイト限定購入特典。内容はそれぞれ異なる。

第1～2巻のゲーマーズ限定購入特典。内容はそれぞれ異なる。

第1～2巻のメロンブックス限定購入特典。内容はそれぞれ異なる。

第1～2巻の電子書籍限定購入特典。内容はそれぞれ異なる。