ある夜、ヴィントブルーム王国の風華宮に賊が侵入。国王と王妃が殺害され、国王に仕えていた元乙HiME（オトメ）も行方不明となる事件が起こる。

それから14年…。

徒歩で砂漠を越える少女アリカ・ユメミヤ。彼女は、生まれてすぐに生き別れた母親を捜すため、「かつて母が乙HiME（オトメ）であった」という情報のみを頼りに、母の持ち物であった「蒼天の青玉」と共に、世界唯一のオトメ養成専門学校「ガルデローベ」を目指し、ヴィントブルーム王国へやって来たのだった。

入国直後、アリカは偶然出会ったガルデローベの予科生ニナ・ウォンと、即位式を控えた我儘な王女マシロ・ブラン・ド・ヴィントブルームと共に、謎の秘密結社「シュバルツ」の操る巨大な化け物スレイブに襲われてしまう。危機迫るその時、颯爽と現れ圧倒的な力を持って事態を収めたマイスターオトメ、シズル・ヴィオーラに憧れを抱いたアリカは、その場でオトメになることを決意、ガルデローベへと中途入学する。

入学後、アリカは学園のハイレベルな指導や、特別入学に対する周囲の嫉妬に悪戦苦闘しながらも、学費の援助をしてくれる匿名の支援者を得る等多忙な日々を過ごす。その最中、即位したばかりのマシロ女王と共に迷い込んだヴィントブルーム城の地下空間でアリカは、古代の超破壊兵器「ハルモニウム」を発見する。直後、シュヴァルツのスレイブに襲われた二人は、止むを得ず「蒼天の青玉」を用いて主従の契約を交わす。これにより、マシロ女王のマイスターオトメとなったアリカは、圧倒的な力でスレイブを撃破する。

学園に内緒での主従契約（違反行為であり、学園長ナツキ・クルーガーやシズルらは感づいていたものの、ノーヒントでふたりがハルモニウムを見つけ出したことを重く見て、敢えて咎めずに「流れに任せる」ことにした）を解除する手がかりを求め、学園内、真祖の霊廟に忍び込んだアリカは思いも掛けず、華麗なオトメの歴史の裏に隠された闇 「戦争兵器として敵味方に分かれて戦わされたオトメ」の話を知り心乱れる。さらにニナの養父セルゲイ・ウォンに惹かれていることに気付き自分の気持ちに戸惑い始めるアリカだったが、同じく養父に惹かれるニナとの関係はエルスティン・ホーという仲介役もあり、対立関係から良き友人、ライバルとして共に切磋琢磨する関係へと昇華していった。

一方マシロは、ジパングの若君鴇羽巧海頭忠頼と出会い、自身の至らなさを指摘された事にショックを受け、女王としての責務を一時放棄してしまうが、アリカとどちらが早く「立派なオトメ」・「みんなを幸せにする女王」になるか、というそれぞれの夢を競争する約束を交わしたことで立ち直る。

そんな中、密かに手を組んでいたアルタイ公国、及びシュヴァルツの策略により、ルーテシアのレムスとロムルス国境付近において、双方のマイスターオトメによる戦闘が50年ぶりに引き起こされる。これを皮切りとして、世界情勢は一気に険悪な方向へと進み、ついに風華宮落成式の日、良き王として生まれ変わる決意を決めたマシロ達の目の前で、シュバルツの総攻撃が行われる。抵抗するガルデローベのオトメ達だったが、シュヴァルツの策略によりその力を封じられ、結果、ヴィントブルーム王国、及びガルデローベはハルモニウム共々、アルタイ・シュヴァルツの手に落ち、更にシズルは捕虜に、ナツキは国外逃亡を余儀なくされる。

この騒動の中、マシロを連れて逃げていたアリカだったが、彼女に対しシュバルツの放った刺客はあろう事か親友のエルスであった。その混乱の中、さらに、アリカを陰ながら支援していたパトロンがセルゲイであることを知ったニナは嫉妬と憎しみに苛まれ、アルタイの大公たるナギ・ダイ・アルタイが持つマイスターGEM漆黒の金剛石で契約を交す。ニナの嫉妬はアリカに向けられ、自らのスレイブを盾にしてアリカを庇ったエルスはスレイブと共に消滅する。結果的にエルスを殺してしまったニナをアリカは許せなかった。互いに憎みあい、エルスの示した引き返せない宿命の中で、怒りに身を任せ激突した…。

TVシリーズをさかのぼる事約100年。

武と誇りを尊ぶ東方の大国タイユァン7武候家の三位ハザクラ家のアヤネ・ハザクラは、8年前、当時ロサージュ連邦よりの亡命者の少年と出会い、将来彼のオトメとなって彼の手助けをすることを約束し、彼から「孤高の紅翡翠」を託された。

やがてオトメとなるためガルデローベに入学した彼女は、約束の少年を捜し出し、その約束を果たすことができるのか？

TVシリーズ（ヴィント事変）から1年後、アリカは各国の協力の中、突如落下してきた巨大隕石を破壊し、世界を救った英雄とされていた。しかし、それは惑星エアル最大の危機の始まりだった。

アリカの母にして伝説の乙HiME、レナ・セイヤーズの現役時代の物語。ヴィントブルーム王族の落胤・シフルを巡って、ヴィントブルーム王家、ガルデローベ五柱、シュヴァルツ+アスワドがそれぞれの思惑から衝突し、シフルを奪い合う。自らの強すぎる力に悩むレナは、運命に翻弄されるシフルを救うことができるか。

「乙Type Highly-advanced Materialising Equipment」（乙式高次物質化能力）

乙HiME（オトメ）とは、王侯貴族や大統領等特定の人物一人に付き、職務の相談役や身の回りの世話、護衛に至るまで、様々な局面において全面的にサポートする全世界の少女憧れの女性限定エリート職。

その育成が行えるのは、世界唯一の乙HiME（オトメ）専門学校「ガルデローベ」のみであるため、各国は奨学金をつける等、競って自国のオトメ候補生を学園へ送りこんでいる。ただし、乙HiME（オトメ）は、容姿、作法から頭脳、武術に至るまで、全てにおいて完璧を求められる為、卒業後プロである「マイスター」の資格を得る事ができる者はほんの一握り。学園入学とともに体内にナノマシンを埋め込まれるため、常人を遥かに超えた超人的行動が可能で、マイスターともなるとたった一人で一国と戦争出来る程の力を持つ。ゆえに各国の主要軍事兵力としての一面も持つ（竜王戦争）。

また、オトメが各国にいるため、下手に他国への侵攻が出来ないよう抑止力となっており、現代の核による安全保障にも似ているが、通常は貴族同士の決闘に近い形で全面戦争を防ぎ世界の秩序を保つシステムでもある。

なお、ナノマシンとの兼ね合いから乙HiME（オトメ）である間は異性恋愛を禁止されており（後述ナノマシン項参照）、常に恋か夢かの選択を迫られるが、中にはマイスターとしての責務を全うした後、結婚引退する者も存在する。

ただし、ガルデローベを中心として乙HiME（オトメ）に失われた科学力が独占されている事に反感を抱いている者（特に軍関係者）も多い。ヴィント事変後はガルデローベに秘匿されていた科学技術も各国に段階的に開放され、オトメの役割も大きく変わることとなった。

舞台は惑星エアル。遥か昔地球から移民してきた人々の住まう惑星。しかし、当時の高い技術は戦争等様々な要因から櫛の歯が欠けるように失われており、ホログラフやナノマシンのような高い技術の残る地域もあれば、電話のような技術すら失った地域もある等、場所によりその格差は大きい。また残っている高い技術の大部分が、ヴィントブルーム王国やガルデローベのような一部の国家に独占されており、その事から古の技術復興を求める者達や、技術を独占する国家に対する怨みを持つ者等、行動原理や争いの種にもなっている。

西方諸国と東方諸国とでは、古の技術に対する考え方など、認識を異とする部分がある。西方諸国の一部については、100年前にはロサージュ連邦という連邦国家を形成していた。

コーラルオトメのエレメントは、全員共通で伸縮自在のロッド。

• ※1：エレメントはブルースカイスピア（双身剣）（ - 26話）、ツーハンドソード（ELEMENT EXPANSION時）（26話）、暁ノ大太刀・乙型（元ネタはGEAR戦士電童のアカツキの大太刀）（26話）
• ※2：エレメントはサイ（ - 26話）ミロク（26話）
• ※3：エレメントは二又の槍
• ※4：エレメントはポールアクス

• アニメ
• 主人公はアリカ・ユメミヤ。
• 舞台である惑星エアルは地球からの植民惑星。
• 第1話はアリカが母を捜すため「乙HiME」（オトメ）になることを目指し、ヴィントブルーム王国に入国するところから始まる。
• ヴィントブルーム王国の政治は議会を中心に運営されているが、マシロ女王の浪費等によって国庫が圧迫され、増税が頻発し失業率も上がるなど、明るい見通しばかりではない模様。
• アリカの出身地であるガレリアは現在も存在する。
• ジパングは東方の果てに在る辺境の島国。
• 「黒い谷」は、かつてのアスワドの民達の故郷で、神籬の森の奥にあり岩が聳え霧で包まれた時空の狭間の世界。オトメの技術やハルモニウムの発祥の地でもある。
• 敵ボス：ナギ・ダイ・アルタイ大公、「マイスターオトメ」ニナ・ウォン&ハルモニウム。
• 漫画
• 主人公は女装美少年のマシロくん（彼は男性ファンから非常に人気が高い）。
• 舞台である惑星エアルは未来の地球（後述の風華学園やHiMEの部分と合わせて前作舞-HiMEとの直接的な繋がりを指摘されている）。
• 第1話は風華宮でマシロ姫が死体で発見され、翌日マシロくんがセルゲイに呼ばれ、マシロ姫の影武者としてヴィント市に向かうところから始まる。
• ヴィントブルーム王国の政治はセルゲイが取り仕切り、真白姫の作り出す新たなる世界の構築を目指すべく軍拡を強行している。そのため表向きは景気が良さそうに見えるが、失業率の増加と路地裏のスラムなど、観光ガイド雑誌の読者からの手紙にも指摘されるほど国内状況は悪化している。
• アリカの出身地であるガレリア辺境伯領は10年前の事件以後、崩壊したままとなっている。
• ジパングはヴィントブルーム王国の一地方（トモエ・マルグリッドの故郷）。
• 「黒き谷」は、広大な砂漠の中にある廃墟と瓦礫だらけの都市。シュヴァルツの本拠地で、難民が多数保護されていたが、カルデアの襲撃で壊滅状態となる。
• 敵ボス：セルゲイ・オーギュスト宰相（HiMEオブダークネスチルドレン・キメラセルゲイ）、真祖フミ・ヒメノ。

• アニメ
• アリカは母親の顔を知らない。
• アリカは「蒼天の青玉」を持っていたことなどから、学園上層部の思惑もあり例外中の例外「51人目」としてガルデローベ学園に入学できた。後にパールへの進級を無条件で認められる。
• アリカは週に一度手紙を送ることを条件に支援する匿名のパトロン（=セルゲイ）が居る。援助してもらっているお金を少しでも返済しようと、休日は労働に励む。
• セルゲイのフルネームは、セルゲイ・ウォン。
• セルゲイとニナは親子関係（養子縁組のため血の繋がりはない）。ニナはセルゲイのためにマイスターを目指す。ニナのマイスターGEMは「漆黒の金剛石」。ニナはヴィントブルーム国王夫妻の実子。
• ハルカの本職はユキノ大統領のマイスターオトメ。
• ユキノの本職はエアリーズ共和国大統領。
• エルスはコーラル17番目、後に30番目の実力とアカネのお部屋係。
• ナツキの出身地はクルーガー辺境伯領。
• アリッサは鳥（アリッサ・シアーズの遺伝子情報を所有している）。ミユは旅人。
• アリカ、ニナ、マシロの誕生日は同じ9月7日。
• レナのフルネームはレナ・セイヤーズ（アリカ・ユメミヤの母親）。14年前のラドとの交戦によりすでに故人となっており、その亡骸はシュヴァルツの手によりフミ・ヒメノに対抗する新たなる真祖とされてしまう。
• カズヤはカルデア三大選帝侯家の御曹司（アカネ・ソワールと共にかけおちし、後にカルデアの王となる）。
• 巧海はジパング将軍家嫡男、鴇羽巧海頭忠頼。晶は巧海に仕えるくノ一。
• ホー家は代々シュヴァルツの構成員。竜王戦争時代多くのオトメを輩出した（娘のエルスティンはスレイブと共に消滅する）。
• トモエとミーヤは主従関係。なおかつトモエの性格はどす黒い（シズルが大好き）。ワルキューレの一員となり、アリカを心の底から憎んでいる。
• アリカ、レナはアリッサ・シアーズの子孫。
• ミコトはマシロ姫のペットの猫。もしくは黒い谷に住み「猫神様」を自称する、高次物質化能力者の最後の生き残りで、舞衣の事実上のマスター。猫のミコトや同じ姿をした猫の目を介して、猫神様のミコトがあらゆる状況を見ていた。
• 舞衣は、鴇羽巧海頭忠頼の姉であり、ジパング将軍家の姫君で、「炎綬の紅玉」のマイスターオトメ。
• アリカ、ニナ、エルスの仲良し3人組は、ある1つの事件をきっかけによりバラバラになってしまった。
• ジュリエット・ナオ・チャンは五柱の四の柱、「破絃の尖晶石」のマイスターオトメとなった（五柱のマイスターオトメ揃う）。
• 漫画
• アリカは母親（レナ・ユメミヤ）の顔を知っており、なおかつ弟（マシロくん）がいた。10年前のある事件で生き別れになった。
• アリカは最初からガルデローベに入学している。初期の順位は51、シズルにベタベタで、蒼天の青玉は持っていない。後に飛び級卒業。
• アリカは支援をしてくれるパトロンが居ないので、学費は休日の様々な労働で得た金で払っている。
• セルゲイのフルネームは、セルゲイ・オーギュスト（マシロくんの支援者で真白姫の部下）。
• ニナは孤児（セルゲイとは無関係）。自分と同じような境遇の子供をこれ以上出さないため、ナギ大公のためにマイスターを目指す。ニナのマイスターGEMは「黒焔の金緑石」。
• ハルカの本職はヴィントブルーム市警察の警部補。
• ユキノの本職はヴィントブルーム市警察の署長。
• エルスはコーラル3番目の実力と現在はシホのお部屋係。
• ナツキの出身地はエアリーズ共和国で、現エアリーズ共和国大統領サエコ・クルーガーの娘。
• アリッサはエアリーズ共和国出身、本名はアリッサ・クルーガーでナツキの妹。ミユは発掘された地球時代のアンドロイド。
• アリカ、ニナ、マシロくんの誕生日は明らかになっていない（バラバラの可能性が高い）。
• レナのフルネームはレナ・ユメミヤ（旧名 レナ・セイヤーズ。アニメ版同様、アリカの母親）。10年前のある事件で死亡したかに思われていたが生存しており、ラド（レイト）によって助け出されてからは黒い谷でラドの妻として保護されていた。カルデア襲撃の一件後治療のためガルデローベに搬送されるが、その後自らフミ・ヒメノの代わりに霊廟の真祖となった。
• カズヤはシュヴァルツの構成員（アカネ・ソワールに瞬殺されてしまう）。
• 巧海はカルデア帝国次期皇帝、タクミ十三世。晶はタクミのマイスターオトメ、アキラ・オクザキ。
• ホー家はただの一貴族（娘のエルスティンはマシロくんの追っかけ、彼のマイスターオトメになれる事を夢見ている）。
• トモエとミーヤは同性愛関係（すごくあぶない関係）。トモエの性格は黒い部分がなく、アリカを友達として見ている。シズルの事を大好きかどうかは不明。
• アリッサ・シアーズとアリカ、レナは無関係（しかし、魔人 "HiME" の1人として再び登場する）。
• ミコトはヴィント市で暮らす猫で、マテリアライズ？ して猫耳を着けた人間の姿になる。MAIが主であり、彼女を呼び寄せてもらう為に真白姫に協力していた。シュヴァルツを利用したり、障害となったマシロくん達に襲い掛かるなど、あらゆる手段を実行する。
• 舞衣は、「漆黒の金剛石」によって召喚された、高次物質化能力の源流たる「HiME」MAI。
• アリカ、ニナ、エルスの仲良し3人組は、マシロくんを守るという目的&目標があり、3人一緒に同じ道を辿る事ができた。
• ジュリエット・ナオ・チャンはパールオトメのままで、真白姫たちと戦う時はパールローブで戦う（同時に、五柱揃わず）。

• アニメ
• 蒼天の青玉はマイスターオトメ、レナ・セイヤーズのもの（現在は、アリカ・ユメミヤに継承されている）。
• パールオトメのエレメントは全員共通のロッド。
• エアリーズ共和国大統領、ユキノ・クリサント。そのマイスターオトメ、「珠洲の黄玉」ハルカ・アーミテージ。
• カルデア帝国皇帝、アルゴス十四世。そのマイスターオトメ、「塊麗の縞瑪瑙」フィア・グロス
• アスワドはハイ・テクノロジー復興を目指す武侠集団。シュヴァルツはアスワドから分離した過激思想のテロリスト集団。
• 「漆黒の金剛石」の所有者は、ナギ大公。
• 風華宮の地下に存在しているのはハルモニウム。
• HiMEは乙型高次物質化技術の基となった者達で、今ではHiMEはミコトのみ。
• レナ・セイヤーズの亡骸は、ワルキューレGEM「呪詛の黒曜石」を生み出すため、シュヴァルツに真祖として利用されてしまう。
• 水晶宮は乙・HiMEという定めのくびきを解き放つ場所で、黒い谷の地下奥深くの水の中にある。現在では遺跡そのものでもあるが、今もオーファンは健在。
• レナとセルゲイは、14年前に面識はあるが、ラドとは無関係。セルゲイにとって、彼女は憧れ的な存在で、娘であるアリカの後見人として、学園費を支払ってくれていた。
• ヴィントブルーム王家の血を引く人物は、ニナ1人だけである。前国王と前王妃の顔は分っているが、名前は判明しないままで終わってしまい、マシロ姫の出生は謎のまま。
• 漆黒の金剛石は、かつてハルモニウムの力によって“真白なる金剛石”が黒く染まってしまったGEM。すなわち、同一物。それをナギ大公はずっと隠し持っていた。
• 漫画
• 蒼天の青玉はマシロくんの母親の形見（幼い頃、母〈レナ・セイヤーズ〉から渡された物）。
• パールオトメのエレメントはオトメにより異なる。
• エアリーズ共和国大統領 サエコ・クルーガー。現在、マイスターオトメはいない。
• カルデア帝国皇帝、ジン。そのマイスターオトメ、「麗竜の天藍石」レイラ・マリポーサ。
• アスワドは登場しない。シュヴァルツは圧制の打破と科学力による民衆の開放を標榜し、あらゆる国家の要人を暗殺対象とするテロリスト集団（ナギ大公とは無関係）。
• 「漆黒の金剛石（大型）」の所有者は、真白姫。だがセルゲイ・オーギュストの体には「漆黒の金剛石」のマスターストーンが埋め込まれていた。
• 風華宮の地下に存在しているのは封架の地（風華学園？）。
• HiMEは、伝説の「炎の七日間」において、世界を焼き尽くし、どこかで眠りについたと言われる魔神達となっている。しかも、全員前作の漫画版“舞-HiME”に登場していた者達？
• レナ・セイヤーズは、自分からフミ・ヒメノの代わりに霊廟の真祖となる道を選んだ（瀕死だった為助かる術は無かった）。
• 水晶宮は、魔神と呼ばれたHiME達が眠る場所でもあり、全世界に宣戦布告をした真白姫の本境地となる。風華宮の地下に封印されており、復活した時は水晶宮だけでなく、風華学園？ そのものが本拠地となっていた。
• レナとラドとは、故郷のガレリアに住んでいた頃の幼馴染で、セルゲイとは無関係。ラドは完全義体になってからも、彼女の事を守ってくれていた。そして、アリカの義父となる。
• ヴィントブルーム王家の血を引く者は、マシロくんと真白姫であり2人は双子。前王と王妃はユウイチとマイであるという事。ニナの出生は謎のまま。
• 漆黒の金剛石と真白なる金剛石は元は媛星を起源とした1つの貴石であったが、前作漫画版舞-HiMEにラスボスとして現れたヒルコが、祐一・舞衣・なつきによって倒された事によって、2つに分かれてしまった石。1つはセルゲイ、もう1つはユウイチが持っていた物。2つの石が再び1つに重なると世界を変える強大な力が手に入るといわれている。

• 企画 - サンライズ
• 原作 - 矢立肇
• 監督 - 小原正和
• シリーズ構成・脚本 - 吉野弘幸
• キャラクターデザイン - 久行宏和
• クリーチャーデザイン - 宮武一貴、阿久津潤一
• ゲストメカデザイン - 大河広行
• セットデザイン - 青木智由紀
• タイトルロゴデザイン - 鎌田誠
• 美術監督 - 高須賀真二
• 色彩設計 - 横山さよ子
• 撮影監督 - 末弘孝史
• 編集 - 関一彦
• 音楽 - 梶浦由記
• 音楽プロデューサー - 井上俊次
• 音楽制作 - ランティス
• 音楽協力 - サンライズ音楽出版、テレビ東京ミュージック
• 音響監督 - 三間雅文
• 音響制作 - テクノサウンド
• プロデューサー - 古里尚丈、国崎久徳
• 製作 - サンライズ・バンダイビジュアル

※地上波放送およびAT-Xでの第25話と第26話は、1時間スペシャルとして2話連続放送された。

TVシリーズから1年後のストーリーが描かれている。全4巻。後に全4話を再編集し、最後に4分間の追加カットを収録したDVD『舞-乙HiME Zwei 総集編「夢のツヅキ」』が発売されている。

TVシリーズより過去の時代のストーリーが描かれる。