藤子・F・不二雄の漫画作品を収録した漫画全集であり、2011年（平成23年）の藤子・F・不二雄ミュージアムの開館を前にいつでも藤子・F作品を読める状態にしておくために、約46,000ページ・約3,500話に及ぶ藤子・Fの漫画作品の網羅を目指している。（詳細は#経緯・#収録対象を参照）

2009年（平成21年）7月から第1期の刊行が開始され、第4期まで刊行されたのち、2014年（平成26年）4月25日に追加刊行された『名犬ラッシー』で全115巻完結となった。

単行本では選集の多い藤子・F作品に対し、本全集では当時の読者の追体験が出来る収録方法として掲載雑誌毎・発表順での収録を採用。また学年誌掲載分の『ドラえもん』については、より当時の追体験が可能な収録方法として「学年繰り上がり収録」を採用している。（詳細は#収録方法を参照）

収録作品には初収録となる作品や『藤子不二雄ランド』が絶版した後、長らく出版停止となっていた作品も含まれており、『オバケのQ太郎』や『ジャングル黒べえ』の復刊が話題となった（両作の出版停止についての詳細は、オバケのQ太郎#長期にわたる絶版・ジャングル黒べえ#封印を参照）。

2021年9月3日より電子書籍版の配信が開始された。配信は作品ごとに一括で、全3回にわけて配信される予定。

藤子不二雄（藤本弘と安孫子素雄）の全集は、『藤子不二雄ランド（FFランド）』が1984年（昭和59年）から1991年（平成3年）にかけて中央公論社から発売されていた。しかし『FFランド』は藤子・Fの生前に刊行されていたことや第1期のみで刊行が終了したこともあって未収録作品や未収録話が存在しており、また1996年頃までには絶版となっていた。藤子・Fの死去後に復刊ドットコムによって『FFランド』の復刊企画が出るが、最終的に藤子・F側からの出版許可が得られず、藤子Ⓐ単独名義となっていた作品（藤本との合作を含む）のみが2002年（平成14年）から2005年（平成17年）にかけて『藤子不二雄Ⓐランド（FFⒶランド）』としてブッキングから復刊された。藤本単独作およびFFⒶランドに含まれなかった合作は復刊されず、代表作『オバケのQ太郎』などが長年に渡り出版停止状態となっていた（cf. 封印作品）。

2009年（平成21年）3月7日、映画『ドラえもん 新・のび太の宇宙開拓史』の公開に合わせて公式サイトが公開され、『藤子・F・不二雄大全集』の刊行と藤子・F作品のキャラクターをメディアミックス展開させる「Fプロジェクト」の立ち上げが発表された。発売決定の最大の動機は、藤子・F・不二雄ミュージアムが2011年（平成23年）に開館されるのに先立ち、同ミュージアムで作品に触れた人が藤子・F作品を読める状態にしておくことであった。

同年5月13日までには第1期8タイトル・全33巻セットの予約受付を開始し、7月24日より第1期の刊行が始まる。第1回配本として長年絶版状態となっていた『オバQ』の1巻を含む3巻が、同年12月までの時限付きで本来の定価よりも安い発刊記念特別価格で発売され、これに前後して様々な雑誌で藤子・Fの特集が組まれた。

第1期全巻セットは50,610円という高額にも関わらず2009年内目標であった5,000セットを7月中に越え、第1回配本分の3巻についても完売する店が相次いで発売から10日で既に重版にかけられると、発売当初より好調な売れ行きを示した。第1期全巻セット予約は8月3日までには7000セット、8月23日にまでには9,000セット、2010年3月までには12,000セットに達している。小学館は主要購買層として30代、これに次いで40代を想定しており、実際に30代以上の男性が主要購買層となっている。ただし30代に次ぐのは、映画とともに成長した「ドラえもん世代」となる20代となっている。

本全集においては藤子・Fの全作品収録が目標とされた。ただし全115巻完結時点でも、藤子不二雄Ⓐとの共作の一部（『名犬タンタン』『ジロキチ』など）は未収録となっている（未収録作品は「藤子・F・不二雄の著作一覧」「藤子不二雄の読切一覧」「藤子不二雄の連載一覧」を参照）。

以下、収録された作品を刊行タイトル毎にまとめて記載。

• 凡例
• タイトル末尾の◇は初収録作品を示す。
• FZ-：FZ-xxxで示される通巻数。複数巻の作品についてはxxx-xxxの形で記載した。
• A：藤子Ⓐとの共作。★は全作共作、☆は一部に共作を含むタイトル。
• カラー：初出時カラー部分のカラーでの収録状況
• 全：全てカラー収録。ただし、モノクロでの加筆がある部分についてはモノクロで収録。
• x巻：一部カラー収録。カラー収録の巻数を示す。

• タイトル末尾の◇は初収録作品を示す。
• FZ-：FZ-xxxで示される通巻数。複数巻の作品についてはxxx-xxxの形で記載した。
• A：藤子Ⓐとの共作。★は全作共作、☆は一部に共作を含むタイトル。
• カラー：初出時カラー部分のカラーでの収録状況
• 全：全てカラー収録。ただし、モノクロでの加筆がある部分についてはモノクロで収録。
• x巻：一部カラー収録。カラー収録の巻数を示す。

• 全：全てカラー収録。ただし、モノクロでの加筆がある部分についてはモノクロで収録。
• x巻：一部カラー収録。カラー収録の巻数を示す。

各期全巻予約者を対象として、期毎の全巻購入予約特典が用意された。

発行はいずれも小学館。なお、タイトル冒頭にある平仮名はソートを正しく行なうための便宜的な物です。

• 凡例
• FZ列はFZ-xxxで示される通巻数。
• A列の★は藤子不二雄Ⓐとの共著を、☆は収録作品の一部に藤子Ⓐ共作があることを示す。共著作品についてはコンビ名義の『藤子不二雄』は使用されず、『藤子・F・不二雄/藤子不二雄Ⓐ』という連名で記載されている。
• 収録内容欄には収録作品の主要掲載誌を系列誌をまとめるなどして略記。誌名だけでは同内容となる場合は掲載時期（「'xx」は19xx年の略）・学年誌の学年を記載して区別した。収録作品の詳細は藤子・F・不二雄の著作一覧を参照。別巻については副題を記載。
• 便宜的に『大長編ドラえもん』のソートキーは『ドラえもん』の次に、『新オバケのQ太郎』のソートキーは『オバケのQ太郎』の次に指定している。
• 出1・2は以下の記述に対する出典。この他については各書籍の奥付による。
• 1：収録内容・頁数の出典
• 2：発売日の出典

• FZ列はFZ-xxxで示される通巻数。
• A列の★は藤子不二雄Ⓐとの共著を、☆は収録作品の一部に藤子Ⓐ共作があることを示す。共著作品についてはコンビ名義の『藤子不二雄』は使用されず、『藤子・F・不二雄/藤子不二雄Ⓐ』という連名で記載されている。
• 収録内容欄には収録作品の主要掲載誌を系列誌をまとめるなどして略記。誌名だけでは同内容となる場合は掲載時期（「'xx」は19xx年の略）・学年誌の学年を記載して区別した。収録作品の詳細は藤子・F・不二雄の著作一覧を参照。別巻については副題を記載。
• 便宜的に『大長編ドラえもん』のソートキーは『ドラえもん』の次に、『新オバケのQ太郎』のソートキーは『オバケのQ太郎』の次に指定している。
• 出1・2は以下の記述に対する出典。この他については各書籍の奥付による。
• 1：収録内容・頁数の出典
• 2：発売日の出典

• 1：収録内容・頁数の出典
• 2：発売日の出典

• 『Fノート』 2009年11月1日発行（第1期予約購読者特典）
• 『Fヴォイス』 2010年12月1日発行（第2期全巻購入申込者特典）
• 『F.アート』 2011年12月22日発行（第3期購入申込者特典）

主要参考文献のみを記載。この他の参考文献については個別脚注方式で#出典に記載している。