フィリピンを舞台とし、ジャピーノ（日比混血）である主人公トシオの冒険と成長を描いている。タイトルにある虹の谷とは、作中でフィリピン・セブ島にあるとされる谷の名で、雨季になると真ん丸い虹が浮かぶという。物語のほとんどはセブ島ガルソボンガ地区で展開する。

トシオが13歳（1998年）、14歳（1999年）、15歳（2000年）と成長していく3部構成をとっている。

トシオ・マナハン

ガルソボンガ地区で祖父とともに暮らしている。父親は日本人であり、娼婦であったトシオの母親は彼に捨てられ、トシオが3歳のときにエイズで死んだ。
虹の谷への行き方を知っているのはトシオだけである。
一人称は「おいら」。祖父以外からは「ジャピーノ」と呼ばれることが多い。

ガブリエル・マナハン

トシオの祖父。抗日組織で戦った英雄でもある。
トシオと闘鶏用に軍鶏を飼育し、収入を得ている。

ホセ・マンガハス

虹の谷に住むゲリラ闘士。かつて新人民軍に属していた。

ラモン・スムロン

ガルソボンガ地区に住む若者。

メグ

ラモンの妹。

リベルタ

ホセの母。

トニア

ラモンに恋をしている。

シルビア・ガラン・デ・オオシタ

通称「クイーン」。ガルソボンガ地区の生まれであり、日本人画家と結婚し日本に渡っていた。トシオが13歳のときに村に帰ってくる。

ミゲル・ピログ

新人民軍でホセの部下であった。

マサハル・ナカノ

バリリに住む日本人医師。

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