1982年にテレビアニメとして放送された『超時空要塞マクロス』は可変戦闘機をはじめとするメカニック、三角関係を描いた恋愛ドラマ、そして「歌」をフィーチャーした展開によりヒットする。1984年には劇場用映画『超時空要塞マクロス 愛・おぼえていますか』が公開され、1980年代を代表するアニメの地位を獲得する。その後も『マクロス7』や『マクロスプラス』など数々の作品が制作され、シリーズ化されてきた。

2008年には「マクロスシリーズ」25年記念作品『マクロスF』がヒットし、シリーズの再評価が進む。そこで、劇中にてマクロスが発進したとされる2009年を記念し、後のシリーズ作品を踏まえつつシリーズの原点を再構築した本作が連載開始された。

ストーリーはテレビアニメをベースにしつつ、OVA『マクロス ゼロ』の完結後から連なる前日譚など、放送後に設定された要素も加えられている。また、キャラクターやメカニックのデザインは『愛・おぼえていますか』の要素を織り交ぜつつ、リニューアルや新設定も盛り込まれている。そのほか、折りたたみ式携帯電話やデジタルフォトフレームといった現実の2009年の風俗も取り入れられており、携帯電話でのメールの送受信や写メールの撮影シーンなども描かれている。

作者の美樹本は本作以前の作品まではペンと原稿用紙を用いるアナログ方式で漫画を描いていたが、本作で初めてパソコンの漫画製作ソフトを導入している。このため、ドスパラの協力で新たにパソコンを購入している。

アニメシリーズ第1作を当時のキャラクターデザイナー自身の手でリメイクするという手法や新創刊の専門誌への掲載といった点に、アニメ『機動戦士ガンダム』の元キャラクターデザイナーである安彦良和の漫画『機動戦士ガンダム THE ORIGIN』からの影響が見られる。

2009年創刊の『マクロスエース』Vol.001にて連載を開始。同誌は『マクロスF』中心の誌面構成だったが、本作は毎号表紙と巻頭を飾るなど主力的な位置づけにあった。『マクロスエース』が2011年Vol.008を最後に事実上の休刊を迎えると、同年9月より雑誌『月刊ガンダムエース増刊 ニュータイプエース』（角川書店）へ移籍し、連載を継続した。

2013年に『ニュータイプエース』が休刊した後はウェブコミックでの連載体制へ移行し、2014年より『コミックNewtype』で本編のストーリーから遡る「南アタリア島」編を連載していたが、2016年秋以降はおよそ2年間休載状態が続いた。

2018年2月からはKADOKAWA系列を離れ、Cygamesが運営するWebコミック配信サイト『サイコミ』に移籍し、第1話から加筆改訂された「再起動（リブート）版」を毎週日曜に連載（配信）している。

2019年10月、サイコミでの連載休止が発表された。作者公式サイトでは、再掲載をしつつ「ミス・マクロス編」の開始準備を進めていたが、諸般の事情により一旦休止になったことと、今後はサイコミと版権元のビックウエストと相談の上、再開の機会を待つことになる、と報告している。

西暦2012年、リン・ミンメイは宇宙へ飛び立った。

その3年前の2009年、全長1200メートルにおよぶ巨大な宇宙戦艦「マクロス」の進宙式の記念式典に行われる予定のミス・マクロスコンテストに、地元の中華料理屋の看板娘だったミンメイも参加する予定にしていた。

1999年に地球に落下し、後に「マクロス」と名づけられるその物体は、未知のテクノロジーと宇宙を舞台にした戦争が存在することを物語っていた。地球人類はこの物体を解析しつつ、「地球統合政府」の成立を急いだ。統合政府樹立のための統合戦争は10年にもおよんだが、ようやくそれも終わり、マクロスは修復されて宇宙へ飛び立とうとしていた。

そんな中、可変戦闘機バルキリーのアクロバット飛行中に1機のプロペラ機が入り込む。そのパイロットこそ、大会で7回の優勝経験を持つエアレーサーの一条輝であった。輝は統合軍の少佐となった先輩のロイ・フォッカーとの再会を懐かしむが、地球にはマクロスを追って異星人の艦隊が接近していた。

異星人の艦隊は地球統合宇宙軍の防衛ラインをやすやすと破り、衛星軌道上からマクロスへの攻撃を開始する。成り行きから輝はVF-1Dバルキリーへ乗り、この戦いに巻き込まれてゆく。

基本的にはテレビアニメ版が元となっているが、VF-1Dは天神英貴が、VF-1J改は河森正治がアレンジを行っている。なお、進宙式前のエピソードであるWeb版では多数の現用兵器が登場している。