『GALAXY EXPRESS999 ULTIMATE JOURNEY』和智正喜の小説作品。2012年から2013年にかけてグライドメディア発行より上下全2巻が発行。エターナル編の完結編として松本零士が用意したプロットを基にしている。

漫画版のエターナル編の続編という設定ながら、『宇宙戦艦ヤマト』や『超時空戦艦まほろば』の設定も組み込まれている。

2021年に発刊された改訂版はヤマト関連が登場しない内容に差し替えられている。

星野鉄郎

メーテルと別れ999号で地球に戻った一年後から物語は始まる。少年から青年に成長した鉄郎は、機械化母星の崩壊により困窮化してメンテナンスできなくなった機械化人を救うために機械化人専門の診療所で助手として働いていた。機械化帝国の侵略から人類を解放した英雄として宇宙に名を馳せる存在だが、地球の平和復興を願って戦士の銃は封印していた。
ある日、機械化人の救済に奔走する鉄郎を「裏切り者」と見なす集団に襲われ殺されかけたところをエメラルダスに助けられる、そのエメラルダスから消失したメーテルを帰還させる使命を託され3度目の旅に出るが、メタノイド勢力から『最有害人物』に指定された鉄郎は命を狙われることになる。さらに始発駅となるディスティニーに移動中、メタノイドにより太陽が作為的に超新星化されて太陽系が消滅。レイラ・ディスティニー・シュラより太陽系再生の命も受けることになる。
メーテル曰く「どこかで泣いている人がいたら、そこがどんな地獄でも駆けつける男」。メーテルのことは「たとえ魔女でもどんな姿でも、自分にとってはたった一人の大切な人」と明言して真っ直ぐに愛している。相手の顔と名前を一度で覚える特技があり、これで命拾いする場面もある。

メーテル

鉄郎と別れた後、小惑星に還った惑星大アンドロメダでエメラルダスと再会し、自分には機械化人を安住と魂の安息の場へ導く最後の女王としての責務が残っているとして鉄郎との永遠の決別を表明するが、その後エメラルダスから譲り受けた惑星エスメラルダで機械化帝国の再建を目論むダークナスによりワルハラの半神ローゲに差し出され、無理矢理妻にされられそうになったため自身を素粒子レベルでエネルギー解放し大爆発と共に消失する。その衝撃波が暗黒宇宙に繋がる宇宙の穴を空け、呼び寄せたメタノイド勢力により太陽系が消滅させられる事態を引き起こす。
正式名は『メーテル・プロメシュームIII世』。『宇宙一美しい姿をした時の輪を巡る魔女』として宇宙に名を轟かせる。エメラルダスには鉄郎と二度と会わないことを明言していたが、実際は自身が他の者に落ちるくらいなら自身を消失させても鉄郎への愛を貫く程に鉄郎を愛していた。瞳の色はイエロー。両利き。

エメラルダス

メーテルの双子の姉。大アンドロメダでメーテルと再会し、唯一残った機械化母星である惑星エスメラルダをメーテルに譲り渡す。エメラルダスの口からプロメシュームやドクター・バンなどについて触れられ、鉄郎の近況などもメーテルに報告される。
メーテルとは意識の底で疎通し合っていたが突然存在が認識できない状態となる。運命で結ばれた鉄郎がメーテルを救出できる唯一の存在であることを確信したエメラルダスは、消失したメーテルを帰還させる使命を鉄郎に託す。その後、メタノイドの侵攻が始まると連合軍を結成すべく種族間の交渉役に回る。
宇宙一恐ろしい女海賊にして数少ない宇宙自由貿易商の資格を持つ。メーテルが自身の宿命に終止符を打ち、鉄郎と幸せになることを願っている。身なりは劇場版999で着用していた上下一体型のスーツではなく、原作に準じた裾がスカート状になっている上着と白タイツの装束を着用している。

ミーくん

鉄郎の飼い猫・相棒・大親友、鉄郎と同じ鋼の意志を持つ偉大なネコさん。旅に出た鉄郎を追って999号に強行乗車、その後正式にパスが発行される。鉄郎の頭の上がお気に入りの場所。

車掌

999号の車掌。体はガス体のまま。運行ダイヤ・規則厳守の石頭も相変わらずで、融通が利かないことで鉄郎と度々衝突するが、自身は「鉄郎のことを嫌いになるなんて死んでもできない」と明言している。

クレア

999号のウェイトレス兼看護師。クリスタルガラスの身体を持つ機械化人間。以前の旅で鉄郎を守り身体が砕け死亡したはずだが、宇宙を彷徨っていた破片がフォトンにより再生されて生き返る。その際に鉄郎の持っていたクレアの破片が吸収され、鉄郎の意識の中にクレアが再生される様子が映し出される。

カノン

999号の実体部品の電子妖精。機関車の人格をアバターにしたような存在だが、外観は美形の女性キャラで性格も温厚になっている。鉄郎を含め過去に999号で旅をした全ての若者を知っている。

夜森院長

鉄郎が働く機械化人専門診療所の院長。旅立ちを決意した鉄郎を快く送り出してくれる。

ミライ

診療所で働いている看護師。鉄郎に想いを寄せているが鉄郎の心の中に大切な人がいることも知っている。

ボルカザンダ3世

地球連邦総裁。市民生活の改善を最優先に尽力していると謳いつつ富裕層の居住区ばかり復興している。その正体はメタノイド勢力が潜入させたスパイで、太陽を超新星化させて太陽系を消滅させる「太陽系消滅計画」の手引きをする。

古代将

ビッグアース移民船団を護衛しているグレートヤマトの艦長。999号とすれ違う際に鉄郎に敬意を表して艦橋から敬礼する。

有紀学

空間鉄道警備隊SDFの隊員。鉄郎をレイラの元に送り届ける警護を命じられる。姉はアルカディア号に乗船している有紀螢。詳細は『銀河鉄道物語』を参照。

レイラ・ディスティニー・シュラ

銀河鉄道管理局の総司令。999の経路を変更して鉄郎を太陽系再生への旅へ誘う。『運命』を司るワルハラの女神でもある。

ヘルマザリア

メタノイドの百人隊長（センチュリオン）の一人で『地獄の聖母騎士』と呼ばれる。メタノイド勢力の『最有害人物』である鉄郎を討ち取りに現れる。
騎士道を重んじる誇り高さがあり、太陽系消滅計画に最後まで反対していた。対峙したツィスト・バレルに脇腹を打ち抜かれ、助からないと覚悟したことからツィスト・バレルの艦に特攻して差し違える最後を迎える。

ツィスト・バレル

ヘルマザリアと同じ百人隊長の一人。ヘルマザリアの生ぬるいやり方が気に食わず、鉄郎と巻き添いにして一緒に葬ることを目論むが、ヘルマザリアの決死の特攻を受けて宇宙に散る。

オーロラ姫

ワルハラ出身の女神で大王星を統治する。普段は先生として身寄りのない子供たちの母親代わりも務める。『SF西遊記スタージンガー』のキャラだが容姿・性格は全く異なる。

ジャン・クーゴ

大王星強化サイボーグ要人警護騎士団『スタージンガー』の一員。ヘルマザリアに襲われた鉄郎を救護する。

ダークナス

かつてのプロメシュームの側近で敬愛のあまり容姿を真似している。惑星エスメラルダをかつての機械化帝国化することを目論み、邪魔なメーテルをローゲに引き渡す。

ガイゼル

黒騎士ファウストに似ているが錆だらけでボロボロの外装をしている。エスメラルダで命尽きた同胞たちの墓守をやっていたが、後にダークナスの腹心になり外装が綺麗になる。
鉄郎を「過度な甘やかしはしない」と言いながら陰で手助けしたりと謎な部分が多い。

ローゲ

ワルハラ王の気まぐれでワルハラ族と巨人族の遺伝子を掛け合わせて造られた半神。「宇宙一醜い」を自負する。メーテルの噂を聞き「醜い姿の自分でも魔女のメーテルならば受け入れてくれるかもしれない」という僅かな希望からワルハラの艦を盗み出してアスガルドを脱出。その後、エスメラルダを破壊すると脅してダークナスにメーテルを差し出させて求婚する。

ハーロック

鉄郎の師にして兄にして魂の友。999号がエスメラルダ王宮都市の大型砲に撃ち落とされそうになった絶体絶命のタイミングで現れて窮地を救う。その後、ドッグ入りした999号に代わってアルカディア号で鉄郎を惑星アスガルドに送り届ける。
「逃げる者は追わず、やられたら10倍にしてやり返す」が流儀。

真田

惑星大テクノロジアの市長でハーロックの友。
ハーロックが親友というのは「ハーロックの正体は古代守」という『宇宙戦艦ヤマト』の初期段階で存在した設定に基づく。

有紀螢

有紀学の姉でアルカディア号の乗務員。鉄郎が弟の学と懇意にしていることもあり、アルカディア号に乗船した鉄郎をいきなり『女子会』でもてなしてハーロックを閉口させる。容姿は髪が腰まで伸びて『SPACE PIRATE CAPTAIN HERLOCK OUTSIDE LEGEND 〜The Endless Odyssey〜』に近いイメージになっている。鉄郎のことは初対面の時は「鉄郎さん」と呼んでいたが女子会の後は「鉄郎くん」になった。

ミーメ

本作では長生きが特徴のニーベルング族の女性という『ニーベルングの指環』の設定が適用されている。8000年くらい前にアスガルドに少しだけ住んでいたことがあり、アスガルドを酷く嫌っている。鉄郎がアスガルドに上陸する際にミーくんを預かってくれる。

トチロー

劇場版1作目で鉄郎により精神がアルカディア号の中枢大コンピュータに転送され、アルカディア号に魂を宿す存在となっている。アルカディア号に乗船した鉄郎と再会し、レバーを下ろして精神だけの存在にしたのが正しい判断だったのかをずっと悩み続けていた鉄郎に対して、不屈の意志でレバーを下ろした鉄郎の勇気を称え、改めて謝意を伝える。

ヴォータン

ワルハラの神々の王。王宮で世界の終わりをひたすら嘆き続けているだけで、ダークィーンに「これが光の宇宙の最高神…？」と見くびられる。

フリッカ

ヴォータンの妻で芳醇の女神。脳天気でマイペース。おしゃべりが好き。

ブリュンヒルデ

ヴォータンの娘でワルキューレ9人姉妹の長女。知的で生命力に溢れている。

ロキ

ローゲと同じ細胞から別れて生まれたクローン兄弟。ローゲに比べ臆病なためアスガルドに留まり巨大なゴミ捨て場の穴の底でひっそりと暮らしている。光る目玉を取り外して懐中電灯のようにすることができる。

ハーゲン

ラインの黄金が沈んでいる湖の渡し守。ラインの黄金を狙う挑戦者を湖のほとりからラインの乙女がいる岩山まで運んでくれる。鉄郎を「チンチクリン」と呼ぶ。

ヴォークリンデ・ヴェルグンデ・フロースヒルデ

ラインの黄金を守るためにワルハラ王により試験管で造られた三姉妹。美しい乙女だが手足がひれ状になっているため魔物として扱われている。体が弱くラインの黄金が放つエネルギーを浴び続けないと生きていけない。

ロウェル

ヘルマザリアの息子。鉄郎を無念の死を遂げた母親の仇として討ち取りに現れる。母親への情が強く、母親を亡くした悲しみを憎しみに変えて紛らわしている。

ティア

ヘルマザリアの娘でロウェルの妹。任務だと思ってロウェルの仇討ちに加勢するが、心の底では兄の行いが正しいことなのか葛藤している。

山本ワダチ

バイトで生計を立てながら研究者を目指している青年。いわゆる「大四畳半シリーズ」のおいどんキャラで、四畳半一間のボロアパートで大量の本の山に囲まれて生活している。バイト代は殆どが本代で消えていつも貧乏。やよい亭のラーメンが好物。
静かに勉強できる環境を求めて移民船で大地球に移民したが、地球に残った両親は太陽系消失と命運を共にし、自身も多くの若者が対メタノイド戦に志願する中、ぬくぬくと生活している今の自分がが正しいのかに苦悩し、鉄郎も太陽系再生と今にも宇宙に散っているたくさんの命を救うことの、どちらが優先されるのかを考えさせられることになる。
『ワダチ』に同名キャラクターが登場。

ドップラー

プロメテ星系の総統。メタノイドとの一進一退の状況を打破するため、恒星系を丸ごと吹き飛ばす最終兵器『ドップラー砲』の使用を提言するが、真の目的は兵器の威力を誇示して独裁者としての支配力を強めるため。
小説版ではデスラーが同じ役回りを演じていた。

ヘチ

ドップラー総統の第一参謀。『ドップラー砲』使用の投票が賛成多数になるように裏で工作する。

一文字タクマ

大地球防衛軍の代表者。『ドップラー砲』使用の採決を取る会議で賛成票を投じるように脅されて断ったためドップラーの部下に襲われる。『惑星ロボ ダンガードA』に同名キャラクターが登場。

ゾル

メタノイド戦に参戦している第三星系団トカーガ族戦士代表。一文字タクマと同様に『ドップラー砲』使用の採決を取る会議で賛成票を投じるように脅される。ハーロックとは友の関係。容姿は漫画版『宇宙海賊キャプテンハーロック』に登場した同名キャラクターに準ずる。

ラフレシア

メタノイド戦に参戦しているマゾーン族の女王。『ドップラー砲』使用の採決を取る会議に現れ、エメラルダスに負けず劣らずの威圧を放つ。

レオナルド

中世の宮廷画家。現実世界では依頼主に指図されて思い通りの絵が描けないため、夢の中で自分が納得いく最高傑作を描こうとするが、夢の中にも依頼主が悪夢となって現れる。
ラインの指環の光の作用で支線が出現して999号が彼の夢の中に誘導される。『天使の時空船』にも同名キャラクターが登場。

フォトン

エターナル星の女王で光と再生の女神。破片となって宇宙を彷徨っていたクレアを蘇らせる。『火聖旅団 ダナサイト999.9』にも同名キャラクターが登場。

ダークィーン

暗黒宇宙の女王。光の宇宙の最高神を求めて素粒子の集合体の姿でアスガルドに現れるが、ワルハラの王が見込み違いと分かるとアスガルドに大量の暗黒物質をばら撒いて去って行く。

地球（メガロポリス中央ステーション）

鉄郎の生まれ故郷。鉄郎を送迎するために停車。地球からディスティニーまでは回送扱い。
「さよなら銀河鉄道999」で崩落したカタパルトレールは一年で復旧している。

ディスティニー

始発駅。銀河鉄道株式会社の本社所在地。ここで999号の運行区間が「ディスティニー - エターナル（アルテメータ星系経由）」に変更され、鉄郎に新しいパスが発行される。

大王星

ワルハラの女神オーロラ姫により統治されている。全宇宙にギャラクシーエネルギーを供給している。
劇場版1作目が公開された際に発刊された『銀河鉄道大時刻表』では、大オリオン線を運行する222号（ビオナス2号）の終着駅に設定されていた。

エスメラルダ

機械化帝国で唯一残った首都惑星。砂塵と干からびた大地しかない荒廃した惑星で、女王メーテルが生体エネルギーの尽きた機械化人の魂の安息の地に作り直すことを目指していたが、メーテルを失脚させたダークナスがメタノイドと手を組んで数ヶ月で要塞都市に作り変える。

大テクノロジア

高度なテクノロジーを持つ永世中立星で、敵味方関係なく修理工場とテクノロジーを提供している。999号の修理のために臨時停車。市長はハーロックの盟友の真田。

アスガルド

神に匹敵する能力を持つワルハラ族が暮らす星。ラインの黄金の力で発生させた強大な宇宙嵐で惑星を覆って守っている。何もしなくても生きていける楽園のため住人は道端で寝転がっているだけの自堕落な生活をしている。
車掌によると「アスガルドの宇宙嵐は999号の動力では突破できない」とのことで、惑星上に駅があるのかも不明。

大地球（ビッグアース）

地球の移住星。住民会議により高度経済成長期の日本を模した街並みになっている。
原作アンドロメダ編の「明日の星」に似ているが、こちらはレトロなのは景観だけでロボットタクシーが走行していたりとインフラはハイテクである。また銀河鉄道の存在も公になっている。
『ワダチ』でもカミヨ計画の移住先の惑星として登場する。

ヘビーメルダーII

アルテメータ星系におけるトレーダー分岐点。砂と砂塵だけの星で何も楽しみがないため、乗客へのサービスとして銀河鉄道管理局が設営したテーマパークが提供されている。

エターナル

終点。鉄郎の最終目的地で太陽系再生の鍵を握る女王フォトンがいる。

停車駅以外の惑星・空間

第3惑星（中央ステーション）

正式名称「アンドロメダ大星雲第46番恒星第3惑星」。メーテルが惑星エスメラルダ行きの在来線特急に乗車する際に利用。

小惑星

開発が途中放棄された星。鉄郎に戦いを挑むロウェルに停車を強要されたため、正規の路線を外れて臨時停車。結果的に脅しに屈して規程を曲げたことになり車掌は号泣する。
銀河鉄道管理局のデータでは大気のみ存在して生命体は存在しない惑星の筈だったが、実際は植物やナニカが繁殖していた。

レオナルドの夢の中

精神エネルギーにより作り出された次元空間と思われる他人の夢の世界。ラインの指環が放つ光の作用で出現した支線に誘導され脱出できなくなったため臨時停車。カノンは状況が解析できずパニックに陥る。

車両

超特急999号

形式C62-48。客車、食堂車、寝台車が連結されていて診療室も備わっている。装甲車は増結されることがなく、攻撃を受ける事態が何度かあったが無限電磁バリアで守られる以外はやられっぱなしだった。外観は劇場版に準じ炭水車にスリーナンバーのロゴマークは付いてない。詳細は『999号』を参照。

ビッグワン

空間鉄道警備隊シリウス小隊の戦闘列車。999号の護衛に付くがエスメラルダ防衛衛星の攻撃で全壊してエスメラルダに墜落する。詳細は『銀河鉄道物語の戦闘列車』を参照

飛龍

空間鉄道警備隊ケフェウス小隊の戦闘列車。惑星ディスティニーに向かう999号の警備に当たる。

特急37号

地球から冥王星への直行便。車体に「037」のマーキングがある。生身の体が保存されている氷の墓に行くのに利用される。

アンドロメダ37号

在来線特急、惑星エスメラルダ行き。車体に「024」のマーキングがある。メーテルが惑星エスメラルダへ赴くのに利用。

戦艦・その他

アルカディア号

ハーロックの宇宙戦艦。詳細は『アルカディア号』を参照。

クイーン・エメラルダス号

エメラルダスの宇宙船。詳細は『クイーン・エメラルダス号』を参照。

スタークロー

ジャン・クーゴの小型戦闘機。コクピットもあるが専らキャノピーの上に立って金斗雲のように乗りこなしている。

メタノイド艦

メタノイドの大型艦。惑星を破壊できる惑星破壊砲を備える。

ワルハラの艦

ワルハラの神々の大型艦。鳥の形をしていて頭の部分にリングが浮かんでいる。

フライングカート

2人程度乗れる浮遊カート。様々な種類があり囲いの力を入れた方向に進むようになっている。

新機械化帝国移動要塞

ダークナスがメタノイドの援助を得て建造した球状の移動要塞。強力な磁場を発生させて999号を捕獲する。