高等学校・白凰学院（）の助っ人を依頼された風魔一族総帥は背後に別の忍の存在を嗅ぎ取る。それは関東一円の制圧を目論む学園・誠士館（）の陰で暗躍する夜叉一族であった。助っ人として派遣された小次郎一人による夜叉一族との対決は、小次郎が夜叉側の傭兵である超能力戦士（）・飛鳥武蔵に足を貫かれ絶体絶命のその時、風魔から選ばれた戦士たちが救援に駆けつけ、風魔一族と夜叉一族との全面対決の様相を呈することとなる。対決の中で夜叉一族の戦士たちは全滅するも、圧倒的な強さを誇る飛鳥武蔵の前に徐々に追い詰められていく風魔戦士たち。苦境を救ったのは伝説の剛刀・風林火山を手にした手負いの小次郎であった。風林火山の前に超能力（）を封じられた武蔵は次第に劣勢へと追い込まれていくが、小次郎のとどめの一撃を防いだのは飛鳥武蔵の手にする封印されていた長刀・伝説の黄金剣であった。遥かなる時を越え、二本の伝説の聖剣がここにあいまみえた。小次郎と武蔵の戦いは、飛鳥武蔵が戦う理由であった妹の死とともに終わりを告げる。

ドラマ版はこの『夜叉編』をベースとしている。

夜叉八将軍の敗北によって誠士館の目論見は潰えたかのように思われたが、夜叉一族は華悪崇（）なる集団の先兵に過ぎず、地区制圧は聖剣を巡るさらなる争いの序幕でしかなかった。この世には小次郎の風林火山、飛鳥武蔵の黄金剣を含む十本の聖剣が存在し、長い間それを巡って争いが続けられてきたのである。二つの聖剣の邂逅によって再び聖剣を巡る戦いが始まり、風魔を初めとする百三流ある忍集団が壊滅していく中で集結していく聖剣の正統戦士たち。秩序（）の5人と華悪崇（）の5人の正統戦士たちによる決戦は聖地と呼ばれる月で行われるが、それぞれが相打ちにより消えていく運命であった。果てしなく続いてきた聖剣戦争はまたしても来世に持ち越され、戦士たちの輪廻による戦いの運命は永劫に続くかと思われた。しかしその時、生まれ変わった風林火山と、それを手にする小次郎によって長かった聖剣戦争に終止符がうたれる。そして、十本の聖剣も神のもとへと帰した。

聖剣戦争が終結して後三月。小次郎と竜魔の行方はようとして知れなかった。一方、華悪崇により滅ぼされた風魔一族に小龍・霧風・劉鵬以外にも危うく難を逃れて無事生き残った者たちがいた。そしてその中に「新生風魔一族」を標榜し、古い考えを持つ同族を排除して一族の新しい再興を目指す一派が現れる。そしてその牙は、霧風や小龍たちにも向けられた。敵の首領の使うマインド・コントロールによる凄惨な同士討ちの末、「敵のマインド・コントロールにかからないほどのマインド・コントロールを味方からかけられた」小次郎が勝負を制した。

第二部の設定に関連する重要な用語について述べる。

聖剣

第二部のキーワードとなる十本の剣の総称。それぞれ「風林火山」「黄金剣」「雷光剣」「紅蓮剣」「紫煌剣」「十字剣」「幻夢氷翔剣」「白朧剣」「征嵐剣」「鳳凰天舞」と名がついている。
約4000年前に大地を護り治めるために、神の手によって聖地（月）で作られたとされる伝説の10本の聖剣。それぞれが独特の能力を秘めており、神が認めた正統の戦士が手にすると、神と同等の力が発揮されると言われる。逆に正統でない者が手にしてもその10分の1も能力を発揮できず、聖剣の能力に飲み込まれて自滅する。
正統でない使用者が死亡した場合は正統戦士の元に戻り地面に突き立つ。正統戦士が死亡した場合はその場の地面に突き立つ。
最終的には皇帝との会話で聖剣戦争の仕組みを知った小次郎により、10本全ての聖剣が完全に破壊された。

正統の戦士

神に大地を護る使命と聖剣を持つ資格を与えられた10人の戦士。

秩序（）と華悪崇（）

正統の十戦士は何時のころからか“コスモ”と“カオス”という2つの勢力に真っ二つに割れ、転生を繰り返しながら現代に至るまで4000年もの間決着のつかない争いを続けてきた。今では聖剣も戦士も散り散りとなり、伝説となっていたが、カオスの胎動とともにコスモの戦士たちも聖剣に導かれるように集い始めていくのである。

聖剣戦争

コスモとカオスの二派に分かれ、4000年に渡り繰り広げてきた聖剣と大地をめぐる戦い。決戦の地は聖剣の故郷である月だが、神によって選ばれた両派の戦士たちが一人ずつ戦い、そのいずれもが決着のつかないまま消滅する、という形で意図的に引き分けを維持されていた。現代に至り、風林火山の力で強引に時間を遡り、皇帝を撃破した小次郎が十聖剣を全て破壊したことで、システム自体が崩壊し輪廻も断ち切られた。

コスモ正統戦士

神の意思に従い、あくまでも大地の秩序を保つために聖剣を守ろうとする、現代に転生した5人のコスモ正統戦士たち。

小次郎（こじろう）

声：難波圭一
夜叉との抗争後、聖剣・風林火山を狙うカオスに襲われたことで聖剣戦争に巻き込まれる。カオスとの戦いに備えて、同じコスモの戦士を捜して行くことになる。
最終決戦では華悪崇皇帝と激突、一時は鳳凰天舞の力に圧倒されるも、進化を遂げた風林火山により互角に持ち込む。聖剣戦争の理により消滅しかけたが、竜魔の導きにより風林火山の力で現世へ帰還。華悪崇皇帝を撃破し十聖剣を破壊、4000年にわたる輪廻を断ち切った。

聖剣：剛刀・風林火山（ふうりんかざん）

能力：所有者の潜在能力を引き出し鋼鉄さえも断ち切る剛刀の聖剣。臨界点まで高めた剛力無双の腕力と疾風迅雷の脚力は、一たび動けば疾風の如き動きとなり、一たび静かなる林の如く緩徐なれば敵の視覚は惑わされ、一たび攻撃に転じれば烈火の如き怒濤の攻撃を生み出し、一たび防御に転じればその不動の山の如く敵を跳ね返す、風林火山を示す如く身体能力を顕現させる。所有者をとおしてサイキック戦士たらしめ、死界の入り口から生還させたり、時間を逆転させたりするなど時空を飛び越える力を発揮する。その真価は所持者の潜在能力を極限まで引き出し自らも成長し無限の力を発揮する。戦いの中で古い衣を脱ぎ捨て進化を果たし唯一、鳳凰天舞に対抗できる究極の聖剣となる。

飛鳥 武蔵（あすか むさし）

声：速水奨
妹である絵里奈の死後、彼女の菩提を弔うために不戦不殺を誓って山中の一寺に隠遁していたが、黄金剣を狙うカオスの襲撃を受け、否応なく聖剣戦争に関わることになる。襲撃直後に訪ねてきた小次郎からコスモ参加を打診されるがこれを拒否、コスモにもカオスにも属さない超然的立場をとる。
最終決戦では己の命を守るためにあえて戦争に参加。「お前たちも自分たちも命は一つ、今ここにいる自分こそが全て」と輪廻を否定し涅絽と交戦、雷光剣の性質と弱点を早々に見極め勝利を収めたが、聖剣戦争の理により消滅を余儀なくされた。

聖剣：黄金剣（おうごんけん）

能力：所有者の肉体の一部となり、所有者の感情をそのまま威力として爆発させる黄金の太陽の如き長尺の聖剣。対小次郎戦では怒涛の大波を呼び寄せ、対朱羅戦では大地を覆っていた氷を全て溶かし去り、また対涅絽戦においては振りかざす際に背後に太陽の幻影が浮かび上がった。

伊達 総司（だて そうし）

声：松本保典
武蔵を除けば、第2部で小次郎が最初に出会ったコスモ正統戦士。紅蓮剣の意思を介して聖剣戦争の事情を知っており、小次郎をはじめコスモの戦士たちをサポートしていく。

聖剣：紅蓮剣（ぐれんけん）

能力：その名の通り、紅蓮の炎で相手の全てを灰燼に帰す焔の聖剣。そしてその炎は聖剣戦争にて対戦した朱羅のみならず所有者である総司自身をも包み込んだ。

死牙馬（シグマ）

声：矢尾一樹
現代のコスモ正統戦士では一番の古株。前回の聖剣戦争以来、白霊山の山頂に突き立てた白朧剣の下に己の肉体を眠らせており、コスモの同志である小次郎が来たことによって虚空から魂が戻り、地下から再び出現した。全身に多数の傷跡を持つ。本人いわく小次郎は「四千年前から戦ってきた同志」とのこと。

聖剣：白朧剣（びゃくろうけん）

能力：死の瘴気を操り、魂魄を奪う無数の怨念が渦巻く異形の聖剣。刀身から発する朧げな白いオーラは相手の生命を吸い取り、邪悪なる者の魂の輪廻転生を許さず、刀身の内部に未来永劫封じ込め剣の力に変えてしまう幽明の理を冒涜する外道の聖剣。

竜魔（りょうま）

声：堀秀行
当初は小龍らと共に聖剣やカオスについて探っていたが、征嵐剣と伊達の導きによってコスモ正統戦士として覚醒する。
最終決戦では雄皇と対戦したが、風魔死鏡剣をあっさりと破られ、十字剣の力で大地の底へ落とされ死亡。しかし、聖剣の力で精神のみの状態で一時的に復活、十字剣の力が通じない空中へ雄皇を引きずり出し撃破した。その後、その意思は皇帝と相討ちになりかけた小次郎を死界から呼び戻す一助を担った。

聖剣：征嵐剣（せいらんけん）

能力：大地を切り裂いて竜巻で敵ごと天空へ引き上げる他、嵐の如き突風と共に操り出される一振りで相手の体を粉々に寸断し嵐を征する風の聖剣。

カオス正統戦士

自らの欲望のために神に逆らい聖剣を奪取、自らを皇帝と名乗った一人の戦士と、聖剣の持つ魅力に負け皇帝の下に集った四戦士たちの集団。その目的は10本の聖剣を全て手に入れ、人類の支配だけでなく大地そのものを神の手から奪い手中に収めること。全員が銀色の目と銀色の髪を持つ。原作版では邪火麗（ジャッカル）のみ瞳孔が銀色、眼球が赤色という異様な眼をしている。またアニメ版では銀色の設定がなくなり個々に髪や目の色も派手になる。なお神の言葉では「銀色の目と銀色の髪を持つ男」として華悪崇皇帝のみが上げられており、他の戦士達が同じ目と髪の色をしている理由は不明である。

各々が聖剣を所有するコスモの戦士と異なり、華悪崇側の聖剣は全て皇帝に捧げられており、他の4戦士は持ち主である皇帝より聖剣を預かる形になっている。そのため皇帝の勅命で正統戦士以外に聖剣が預けられることもあるが、聖剣の力を十分に発揮できるのはあくまで正統戦士だけである。朱羅が邪火麗の名を知らなかった事から正統戦士同士でも殆ど面識はないものと思われる。

涅絽（ネロ）

声：平松広和
冷静沈着で、華悪崇の参謀としての役割も担っている。皇帝の勅命を戦士たちに伝える立場でもあり、そのため邪火麗にその行動を疑われたこともある。武蔵と聖剣戦争で死闘を繰り広げる。
黄金剣の一撃で消えかけるも即座に戦線に復帰、雷光剣の力で一時武蔵を圧倒する。しかし、剣の性質を見切った武蔵の反撃を受けて雷光剣の牙を全て折られ、最後には投擲された黄金剣を受けて砕け散った。

聖剣：雷光剣（らいこうけん）

能力：刀身の側面から生える6本の牙が本体であり、その中に各々雷神が宿り封じられており、雷神の如き強烈な電撃と電光で相手を貫き倒す雷霆の聖剣。

邪火麗（ジャッカル）

声：古田信幸
華悪崇の中では珍しく、常に険しい顔をしている戦士。自身が預かる紫煌剣が亜沙悪に授けられたことに不満を持ち、皇帝に無断で戦士を動かしているのではないかと涅絽に詰め寄る。聖剣戦争では死牙馬と死闘を繰り広げた。

聖剣：紫煌剣（しこうけん）

能力：4000年の銀河の星の輝きで作られた聖剣。その輝きは相手の影のみを残し、本体を光の中に消し去ってしまう。また敵の攻撃を防ぐ光の輪を発生させる。10本の聖剣の中で最も美しく神秘的な力を秘めた光の聖剣。

朱羅（シュラ）

声：子安武人
伊達総司が小次郎や武蔵と接触し、コスモが3人まで揃ったことを受けて、彼らを倒すべく送られた3人のうち、唯一幻夢氷翔剣を預かる正統の戦士。武蔵と対戦するが、幻夢氷翔剣の威力をもって武蔵の妹・絵里奈を戦闘手段として使ったことが武蔵の逆鱗に触れ、彼の怒りを纏った黄金剣の威力によって幻夢氷翔剣の力を完全に封じられてしまい、遂には絶体絶命の窮地に追い込まれる。しかし武蔵に止めを刺される寸前に勅命を受けて迎えに来た涅絽が割って入り戦闘は中止。聖剣戦争では相反する聖剣を持つ伊達と戦いを繰り広げる。

聖剣：幻夢氷翔剣（げんむひしょうけん）

能力：周囲の大気を瞬時に氷結させ氷雪の世界を生み出し放たれる冷気の攻撃は敵を凍りつかせることができる。また相手の脳裏こと潜在意識の中に眠っている恐怖や憎しみ、愛する者の記憶を具現化し、それらの幻覚が襲い掛かる精神攻撃を掛けることができる肉体と精神を凍てつかせる氷結の聖剣。

雄皇（オズ）

声：草尾毅
正統の戦士中最後に登場。聖剣戦争では竜魔と戦いを繰り広げる。

聖剣：十字剣（じゅうじけん）

能力：一太刀当たれば相手を十文字に斬る力を持つが、その真価は大地を十文字の亀裂を刻み必殺の斬撃を放ち、また敵を十字剣そのものに磔にし大地の奥底に落とすことができる就縛と断罪の聖剣。その性質上空中では能力が使えず、決戦ではこの点を突かれて敗れることになった。

華悪崇（カオス）皇帝

声：鈴置洋孝
華悪崇に君臨する支配者。周囲を圧倒する存在感を持つ、聖剣と大地を手に入れる野心を抱いた神への反逆者。聖剣戦争の最後に聖地に登場し、小次郎と戦う。しばらくシルエットのみで素顔が描かれなかったが、これは作画上の演出ではなく実際に素顔が隠れており、風林火山が皇帝の鳳凰天舞と対等の力を持ったとき初めて見えてきたと小次郎が語っている。
小次郎との激突の中で聖剣戦争のからくり（聖剣戦争の対戦カードは全て、聖剣の力が全く対等になるよう神によって仕組まれており、どの対戦でも両方の戦士が死ぬ）に気づくが、風林火山の力によってそのシステムが捻じ曲げられ、人間である小次郎が運命を変えたことに動揺しながら敗れ去った。

聖剣：鳳凰天舞（ほうおうてんぶ）

能力：10本の聖剣の頂点に君臨する一振り。皇帝曰く、「神に等しき力を宿した、最も雄々しく最も神の力に等しい最強の聖剣」。その存在感は他の聖剣をひれ伏せてしまう。他の聖剣と戦士の魂を支配する力を持ち、聖剣と戦士の力を操ることさえができる。一たび振り下ろされれば、その力はあらゆるものを圧倒する至高の聖剣。
しかし風林火山が進化し、力が拮抗したことで能力が実質的に無効化される。時間を逆行させた後の小次郎の猛攻によりボロボロに破壊され、最後に地面に突き立ったところで切っ先から刀身の三分の一程度を残して崩れ去った。

その他の華悪崇戦士

紫苑（シオン）

声：島田敏
小次郎が最初に対峙した華悪崇戦士。風魔総帥を暗殺し、風魔の里を無人の壊滅状態にした後、帰郷してきた小次郎たちにサイキックで幻覚を見せ苦しめた。目の前で羅沙亜を倒され小次郎に挑むが、風林火山を手にした小次郎の前には手も足も出なかった。止めを刺される前に、雷光剣を回収に現れた華悪崇皇帝に小次郎が向かっていったため、生死は不明。竜馬の死鏡剣から間一髪逃れるなどサイキック能力は高い。

羅沙亜（ラシャア）

声：柴本浩行
皇帝の勅命を受け、紫苑とともにコスモの聖剣を探して、風魔など全国の忍の一族の本拠地を襲っていた。聖剣・雷光剣を手に飛騨一族の残党を全滅に追いやった後、小次郎より風林火山を奪取すべくその姿を現す。聖剣を持たない小次郎を雷光剣の力で圧倒するも、その後風林火山を手にした小次郎に真っ二つにされる。

亜沙悪（アーサー）

声：小野健一
華悪崇皇帝の勅命により紫煌剣を授けられて風林火山を持つ小次郎と対戦。序盤は紫煌剣の能力で小次郎を圧倒するが、正統戦士でないため聖剣の能力を十分に発揮させられず、風林火山によって紫煌剣の発する光をことごとくはね返され、朱羅に引くように言われるが意地になって小次郎を攻撃し、最後は反射された自らの光に体を貫かれて倒された。

堕毘穪（ダビデ）

声：菊池正美
亜沙悪同様、十字剣を授けられて紅蓮剣を持つ伊達総司と対戦。緒戦で大地を十字に裂き、総司を地の底に落としたと思い勝ち誇るが、実は十字剣の能力を十分の一も発揮することができておらず、正統な戦士ではないことを見抜かれて総司の反撃にあい、紅蓮剣の発した炎に包まれながら十字剣が作った大地の裂け目に落ちていった。なお正統戦士の朱羅に対して亜沙悪は対等の口利きだったが、堕毘穪は敬語で接していた。

その他

白霊山の魔女

声：松井菜桜子
白霊山の頂上で白朧剣を略奪者より守護する女性。その正体は山の頂に咲くコスモスの花の精霊。原作ではセーラー服を着ているがOVA版では巫女風の衣装に変更されている。

龍王院狂須（りゅうおういんクルス）

飛騨一族の御曹司で部下からは「若」と呼ばれる。何者かの奇襲により倒された総帥以下多数の戦士の仇として、一族の残党を率いて小次郎を含む風魔生き残りの5人を取り囲むが、竜魔の言葉を信じて矛を収め、その場を去る。去り際に、各地の忍びの本拠地が襲われる事件の濡れ衣が風魔一族に掛かっていることを小次郎たちに教えるが、その後、雷光剣を持った羅沙亜に遭遇して全滅する。

• 原作：車田正美
• 監督：うえだひでひと
• 構成：小山高生
• キャラクターデザイン：荒木伸吾、姫野美智
• 美術監督：内田好之（第1 - 6話）→筒井典子（第7 - 13話）
• 色彩設定：武内和（第1 - 6話）
• 撮影監督：森口洋輔（第1 - 7話）→小澤次雄（第9・13話）、神山茂男（第10話）、高橋明彦（第11・12話）
• 音響監督：松浦典良（第1-6話）→渡辺淳（第7 - 13話）
• 音楽：今泉敏郎
• 音楽プロデューサー：小栗俊雄
• 音楽制作：フロムイースト
• 制作プロデューサー：阿部榮滋（第1 - 6話）→阿部倫久、島崎克実（第7 - 12話）→阿部倫久（第13話）
• プロデューサー：加藤長輝、風間康久、増島由美子（第13話）
• 制作協力：J.C.STAFF、プラスワン（第5話）
• 制作：アニメイトフィルム
• 製作・著作：ムービック／CBS・ソニーグループ

• 原作 - 車田正美、集英社
• 企画 - 藤原正道、安田正樹、渡辺哲也、船田晃
• 製作 - 釜秀樹、太布尚弘、篠原廣人、森重和雄
• プロデューサー - 加藤智浩、染谷正陽、石井祐佳、武蔵大司、橋内敬二
• ラインプロデューサー - 大滝裕
• シリーズ構成 - 伊藤崇、大岡俊彦
• 脚本 - 伊藤崇、大岡俊彦、笹野恵
• 音楽 - 亀山耕一郎
• 音楽プロデューサー - 増島由美子
• 音楽協力 - アニプレックス
• アクションコーディネート - ACファクトリー（冨田昌則、新上博巳）
• VFX、視覚効果 - 日本映像クリエイティブ、ソニーPCL
• 協力 - コスパ
• 衣装協力 - コスパティオ
• 監督 - 大岡俊彦、市野龍一
• 制作プロダクション - ゼネラル・エンタテイメント
• 「風魔の小次郎」製作委員会（東宝、ムービック、ソニー・ミュージックエンタテインメント、電通、電通テック）

参照『宇宙船 YEAR BOOK 2008』

2008年に東宝からDVDが発売された。全4巻。

ドラマのキャストによるミュージカルが2008年3月12日から16日にかけて新宿シアターアプルにて上演。

2008年7月25日にDVDが発売された。

項羽・小龍役の坂本兄弟によるネットラジオ『風魔の小次郎 ラジオ風林火山!』2006年1月18日から3月7日にかけて音泉にて配信。