1988年から構想され、1994年に愛知県から示された最初の基本構想のテーマは「技術・文化・交流―新しい地球創造―」であり、会場は、大阪万博の約2倍の約650ヘクタール、予想入場者数は、4,000万人、跡地構想は「あいち学術研究開発ゾーン」と「新住宅市街地開発事業」となっていた。その後、環境への配慮から、会場候補地である海上（かいしょ）地区の自然環境破壊に対して批判がなされ、1996年に「新しい地球創造―自然の叡智（Beyond Development:Rediscovering Nature's Wisdom）」として、会場面積は540ヘクタールに縮小し、予想入場者数も2500万人に減少させ、BIE（国際博覧会事務局）に立候補申請し、1997年BIE総会で投票により開催地に決まった。その後、1999年、当初メイン会場として計画されていた海上地区（瀬戸会場）にオオタカの営巣が発見された。2000年2月、BIEは「自然の叡智」というテーマを掲げながらも「新しい地球創造」として、会場の跡地利用として宅地造成の新住宅市街地開発事業や道路建設をセットで実施することについて「万博を隠れ蓑にした土地開発事業」と会場計画を批判し、全面見直しを強く求めた。その後、生態系を尊重する市民団体などの要望を受け入れ、2000年5月にメイン会場を愛知青少年公園（長久手会場）に変更し、万博のテーマを「自然の叡智（Nature's Wisdom）」と変更し、より環境問題と市民参加を前面に打ち出す事となった。変更後の会場である愛知青少年公園に残っていた自然を活かし、その自然自体（自然体感）も展示の目玉となった。

一方で外国パビリオンについては、これまでの万博のような各国が個性的な建築物でアピールすることとは異なり、万博協会が規格建築物（モジュール）をグランドや遊具だった所など樹木の少ない区画に建設し、参加国はモジュールの外装や内装のみで個性を発揮するという形をとった。その結果、コンパクトで省資源な環境配慮型の会場構成が実現できた。加えて、開催前の会場構成・パビリオン企画の段階から市民が積極的に参加・ボランティアセンターを設立した会場運営・周辺地域でのサポートを行う等、開催前から開催中・閉幕後にかけて市民やNGOやNPOなどが積極的に参加した。

現行の国際博覧会条約への改正後初で、かつ21世紀最初の博覧会である。20世紀までの「開発型」「国威発揚型」（国家の開発力、国威のPR）が中心だった国際博覧会から、21世紀の新しい博覧会の形である「人類共通の課題の解決策を提示する理念提唱型」の万博に変容を遂げた博覧会として、国際博覧会事務局（BIE）および日本政府は位置づけている。

万博の出展国の評価を行う「褒賞制度」が、1958年のブリュッセル万博以来、ほぼ半世紀ぶりに復活した。万博の質の向上を目指す博覧会国際事務局 (BIE) の求めに応じて博覧会協会が制定した。愛知万博に出展している外国館のデザインや展示内容を審査し、金、銀、銅の各賞を贈るもので、賞の名称は「自然の叡智賞」。

計画では総事業費は1,900億円（内訳、会場建設費は1,350億円、運営費は550億円）と見積もられたが、実績としては総事業費は2,085億円（内訳、会場建設費は1,453億円、運営費は632億円）となった。なお、会場建設費については、「国庫補助金・関係地方公共団体補助金・民間等資金」が1：1：1の割合で負担し、運営費については、適正な入場料収入や営業権利金収入等ですべてを賄うことが合意された。

結果、目標を大きく上回る入場者数とキャラクターグッズの売り上げにより、最終的に129億円の黒字を計上している。

2006年9月16日〜25日には、「閉幕1周年記念事業」として、各種シンポジウムやイベントが開催された。以後、毎年開幕閉幕の周年行事が行われている。

ウィキメディア・コモンズには、パビリオンに関するカテゴリがあります。

• 日本ゾーン（大地の塔、長久手日本館）
• 三菱未来館
• ワンダー・サーカス電気館
• 各国パビリオン（グローバル・コモン6）

ウィキメディア・コモンズには、瀬戸会場に関するカテゴリがあります。

ウィキメディア・コモンズには、サテライト会場に関するカテゴリがあります。

人と自然がいかに共存していくか、というテーマを掲げた上で、環境万博を目指した。

サブテーマとしては下記の3つを掲げ、総合的な博覧会を志向した。

博覧会イベントコンセプト「地球大交流」

• I'll Be Your Love（公式イメージソング、作詞・作曲：YOSHIKI、歌：DAHLIA）
• 愛・未来（開会式公式テーマ曲、作曲 : 渡辺俊幸　指揮 : 佐渡裕　演奏 : EXPOスーパーワールドオーケストラ）

• 万博おんど（歌：城ゆき。作詞：山村けい、秋月ともみ、作曲：和田香苗、編曲：甲斐靖文。1995年製作。）
• Smile again（歌：松任谷由実、イム・ヒョンジュ、amin、ディック・リー）
• a song is born（歌・作詞：浜崎あゆみ、作曲：小室哲哉、開会式にて披露）
• Everyone, everyone（歌：LOVE PSYCHEDELICO、公式FM「FM LOVEARTH」テーマソング）
• マザーアース（歌：森山良子、開会式公式テーマソング、理念継承事業公式テーマソング）
• Friends Love Believing〜ぬくもりをありがとう〜EXPO2005ヴァージョン（作詞：湯川れい子 作曲：服部克久 歌：松浦亜弥、閉幕（閉会式等）公式テーマソング、理念継承事業公式テーマソング）
• シェア・ザ・ワールド〜こころつないで（政府出展事業メッセージ・ソング、作曲：渡辺貞夫）
• Love The Earth（歌：エリック・クラプトン・ヨーヨー・マ・サラ・ブライトマン）
• 愛・地球博Presents GLOBAL HARMONY（立川直樹プロデュース 歌：エルトン・ジョン・ダイアナ・ロス 他）
• ココロツタエ（NHK万博関連番組テーマソング、作曲：谷村新司、歌：夏川りみ）
• 日本まるごと!万博音頭（歌：伊藤秀志 with AMラジオオールスターズ）
• いつもみんなで手をつなごう（歌：氷川きよし）
• 輝け未来 〜この大地に僕らは唄う〜（歌：大島圭太ほか東海3県のインディーズバンド）
• Say What You Will（歌：エリック・クラプトン）
• 世界の国からこんにちは2005（歌：三波豊和・キャイ〜ン）
• ブラボー!ムッシュ・ルモンド（地球讃歌）（歌：加藤久仁彦・トリオ・ロス・ペペス・NAHKI）
• 友だちへ〜Say What You Will〜（歌：SMAP）
• アイノホシ〜Love the Earth〜（歌・作詞：小森まなみ、作曲：池間史規）
• 愛の力（歌・作詞・作曲：石井竜也編曲金子隆博）
• モリゾーキッコロ体操（歌・作詞・作曲：劇団ライオンバス）
• 森のファンファーレ（作曲：北爪道夫、演奏：愛知県立芸術大学管弦楽団）
• 愛知万博オープニングイベントで，冨田勳の「源氏交響絵巻」の続編となるシンフォニーのコンサートが演奏された．

「国際博覧会」は、国際博覧会条約（BIE条約）という国際条約に基づいて、博覧会国際事務局 (BIE) に登録または認定されたものである。2005年日本国際博覧会は、開催申請、開催年・国の決定、具体的な開催計画の承認の時期とBIE条約の改正・批准発効時期が重なったため、その位置づけが複雑なものとなった。また、21世紀最初の国際博覧会で、新条約発効後の初の「登録博」であり、「国際博覧会は、地球的課題解決の場であり、自然と環境の尊重という人類にとって本来的に重要な点を反映した博覧会であること」という、1994年6月のBIE総会決議を受けて開催される節目の国際博覧会として、国際的に注目された。

条約は、1988年の総会で改正が議決され、8年後の1996年7月に必要な批准国数を得て発効した1988年改正条約（新条約）であり、最も大きな改正点は国際博覧会の種類（区分）を変更したことである。

この新条約の発効以前の国際博覧会の区分は、「一般博」と「特別博」の2つに区分されていた。両者の最大の違いは、そのテーマがBIEが定めた人類の諸活動の二分野以上に渡るか一分野のみであるかという点であった。1988年の改正は、この一般博と特別博の区分が事実上曖昧なものとなってきたため、両者の区分を一本化し「登録博覧会（登録博）」とした上で、「大規模で総合的なもの (general)」と新たな定義が与えられることになった。

そして、別途新たに「認定博覧会（認定博）」という小規模（面積25ヘクタール以下）で、特定の分野を取り上げる区分 (specialized) が設けられることになった（同時にBIEが認定した国際園芸博やミラノ・トリエンナーレは「認定博と称することが出来る」と変更されることになった）。条約に定められた各博覧会の開催間隔は、旧条約の一般博は10年に1回で、特別博は特に定めはなく、実績上は1 - 6年ごとに1回であったが、新条約の登録博は5年に1回、認定博は登録博の間に1回の開催とされた（注：国際園芸博、ミラノ・トリエンナーレは別規定）。旧条約最後の一般博である2000年のハノーヴァー万国博覧会以降は、一般博に代わる国際博覧会（即ち登録博）は2005年に開催されることとなった。

愛知万博は元々、規模的に「旧条約の一般博（大阪万博）」に相当する「21世紀初頭の総合的な博覧会」を構想し、新条約の発効後に「新条約の登録博」で申請、2005年の開催を目指していた。地元での誘致構想の立ち上がりが改正年の1988年であることからも推察できるように、条約の改正は織り込み済みであった。当時BIEは、臨時総会による議決で、2004年開催分までは旧条約による開催申請を禁じており（モラトリアム決議・モラトリアム条項）、旧条約に基づく万博は2000年のハノーヴァー万国博覧会（一般博）が最後となるはずであった。

ところが、新条約の発効の遅れ（加盟各国の批准手続きの遅れ）から、引き続き有効な旧条約に基づき2005年に特別博の開催が可能になるという空隙が発生してしまった。このような状況の中で、同じく21世紀初頭の国際博覧会開催を希望するカナダが、この旧条約の特別博の枠組みで2005年の国際博覧会を開催申請することが確実となった。すると競合国が出ない限り条約上自動的にカナダが2005年の開催権を取得できることとなる。

従って、この時点で、2000年に「一般博」のハノーヴァー万博の開催が決まっている以上、日本が旧条約の「一般博（開催間隔が10年以上）」として申請するか、新条約の発効後に「登録博」として申請しても2010年の開催権しか取得できないことになり、「21世紀最初」という最大のセールスポイントを失うという可能性が出てきた。

このため、カナダへの対抗上やむを得ず、敢えて新条約の発効を待たずに、2005年の開催とするため、旧条約の「特別博」で開催申請に踏み切った。日本の申請は1996年の4月18日、カナダは翌月の5月28日であった。批准国数などの条件を満たし、新条約が発効したのは、日本とカナダの申請から約2か月後の7月19日であった。

日本・カナダ両国は、1997年6月12日（現地時間）にモナコで開催された第121回BIE総会において、旧条約に基づき加盟国の無記名投票により2005年の開催権を争うこととなった。最終的には、52対27で日本・愛知が多数を得た。

このような申請及び開催決定の経過より、愛知万博の区分は、法理論的には旧条約の「特別博」に当たる。しかし、日本は申請に当たって「新条約発効後は新条約の登録博へ移行するよう」BIEへ要請しており、新条約が発効し具体的な開催計画の総会承認を得た以降のBIEの位置付けは、「事実上の登録博」となる。愛知万博の場合、総会承認は、新条約に合わせ、開催概ね5年前に「認定」ではなく「登録」という手続きで行い、加盟国への説明および参加招請を開始したことが記録されていることからも言える。

ちなみに、大阪万博は「General of first category（第1種一般博）」という扱いとなっていた。

2008年までBIEのホームページ では、愛知万博については、「International Specialised Exhibition」となっており、2003年（時期不明）から少なくとも2006年6月までは、注釈として「Category included in the Registered International Expositions-Amendment in 1988」とも併記されていた。つまり、1988年採択の「新条約における”登録博”に含まれる」と明記されていた。なお、当時のホームページには、他国における特別博区分に当たる博覧会については「Specialised Exhibition」か「International Exhibition」のいずれかであり、「International Specialised Exhibition」となっていたのは愛知万博のみである。

なお、2005年3月24日に開催された開会式で掲揚されたBIE旗は、前回の旧条約「一般博」の会場である、ドイツのハノーヴァー市から引き継がれた。同年9月25日の閉会式に降納されたBIE旗は、新条約「登録博」の次回会場である中国の上海市に引き継がれている。

上記の表記、経緯から、法論理的には、上海万博と愛知万博は、登録博（5年おき）制度を導入した1988年条約の「International Registered Exhibition（登録博）」に当たり、その点からいえば、大阪万博や上海万博と同じカテゴリーであるとも言える。

愛知万博は、構想から開催決定まで10年近くの年月を要し、この間に会場予定地の選定などをめぐり「開発型」から「環境保全型」へと万博を取り巻く情勢が大きく変わったため、最終的な開催計画のBIE総会での承認（「登録」）までに紆余曲折があった。この間BIEからも一時期「従来の開発型の万博である。」との厳しい批判を受け、最終的には主会場が海上（かいしょ）地区から愛知青少年公園へと変更となった。しかし、登録後は、BIEはこの愛知万博に「新しい時代の国際博覧会のモデル」として期待をした。期待や評価に転じた理由として、誘致から登録までの間に「環境への配慮」や「国際博覧会の開催意義」をめぐる下記の点が挙げられた。

BIEはその期待に応えたものとして、会期中の2005年6月に開催された総会において「“祝意と賛辞”宣言」を決議している。このような決議は1928年にBIEが誕生して以来初めてのことであった。また、中日新聞は、BIEのロセルタレス事務局長が2006年6月にパリのBIE事務局で日本政府関係者と懇談し「この博覧会は最悪の状況で始まり、最高の結果になった。海上の森を破壊して会場を造成する当初計画に市民団体が抗議した。誰もが悲観的になったが、市民団体に加え、学識者、自治体を加えた対話が非常に誠実に行われ、ポジティブな変化を遂げた」と評価したことを報じている。

大阪万博と比較すると、愛知万博は形式的には旧条約による「特別博」であり、旧条約の一般博である大阪万博とは区分が異なるものの、「“自然の叡智”」というテーマの総合性などから実質的・内容的には旧条約の一般博に相当する総合的な国際博覧会であると言える（政府は、今までの特別博とは違い、複数の分野を取り上げる総合的な博覧会であると説明している）。

開催から14年が経過した2018年5月、元・博覧会協会事務総長（現・全国中小企業振興機関協会会長）の中村利雄が、上海万博の跡地にできたBIEの「万博博物館」の式典に出席した際、過去の万博を示すモニュメントで、同等のハノーヴァー博や上海と、色や高さが異なっていることに気付いた。BIEに問い合わせるなどして調べると、博覧会協会が申請当時に当時の特別博（その後の「認定博」）の手数料（約4000万円相当）しか払っておらず、この時点で「特別博（認定博）」の扱いになっていたことが分かった。上記の1996年の申請の際、「新条約発効後は登録博と見なされるよう希望する」とただし書きを付けていたが、うやむやになったとみられる。

その後BIEと関係者間で調整が行われ、愛知万博の理念継承や財産管理をする地球産業文化研究所がBIEに登録博に必要な105万ユーロとの差額73万ユーロ（約9000万円）を納付。2019年11月27日にパリで開かれたBIE総会で全会一致で「登録博」への変更が認められた。

公式キャラクターとしてモリゾーとキッコロ（モリゾー・キッコロ）が制定されている。ともに瀬戸市の海上の森に住む「森の精」という設定である。また、会場内やNHKで放映されたアニメ・テレビ番組、中部電力のCMなど一部に限られるが、声もつけられている。公式の略称はモリコロ。

モリゾー (Morizo)

声：八奈見乗児
愛知県瀬戸市の海上の森に住む妖精。緑色をしている。会場内での仕事はIMTSを運転することなど。「おじいちゃん」と呼ばれ中国語での名称も「森林爺爺」だが、本当の性別は不明という設定。年齢70代半ばだが縄文時代から住んでいるとされる。

キッコロ (Kiccoro)

声：渡辺菜生子
同じく海上の森に住む。性別は男性でも女性でもあり、またどちらでもないという設定。一人称は「僕」。好奇心旺盛な性格で、行動力もある。黄緑色をしている。中国語名称は「森林小子」。
なお、仲間として7色のキッコロ（カラーキッコロ）もいる。ピンク色は「花」担当、茶色は「土」担当、オレンジ色は「木の実」担当、 黄色は「光」担当、水色は「水」担当、紫色は「鉱物」担当、緑色は「木の葉」担当となっている。 最近では、青色「空担当」、赤色「火担当」、白色「雲担当」、灰色「石担当」、ペールオレンジ色「砂担当」が追加されている。

モリゾーとキッコロはアランジアロンゾによるデザインである。なお、マスコットキャラクターは、博覧会協会の公式マスコットキャラクター選定委員会が開催した、指名コンペティションによって決定された。コンペには、アランジアロンゾの他にも、秋元きつね、えだいずみ、福田美蘭、古川あづざらが参加した。

2002年3月25日にキャラクターデザインが公表された。この時点ではモリゾーは「森のおじいちゃん」、キッコロは「森のこども」と呼ばれていた。同時にキャラクター名の一般公募を行い、同年6月29日（万博開催1,000日前）に名前が決定し、公表された。

当初はキャラクターとしての知名度・人気ともに低かったが、次第に子供達を中心に絶大な人気を博した。会場では着ぐるみと一緒に写真を撮る親子連れが絶えず、梅雨時にはレインコートを着たモリゾー・キッコロまで登場した。またキャラクター商品の売り上げで万博の収益にも大きく貢献した。モリゾー・キッコロのキャラクター商品の売り上げは閉幕までに800億円、2006年2月末までに1000億円（博覧会協会発表）に達し、イベント用のキャラクターとしては異例の売れ行きとなった。

モリゾーとキッコロが登場する絵本『もりのこえ』（作・絵：田代千里 ISBN 4902490005）は2005年3月時点で20万部（日本語版）を、『モリゾーとキッコロ』（作：高橋良輔、絵：ぎゃろっぷ ISBN 4776202476）は、2005年7月時点で初版4万部と増刷1万部を発行した。なお、『モリゾーとキッコロ』にはモリゾーとキッコロが歌う「寿限無でダンス」のCDが付属している。「寿限無でダンス」は歌詞が名古屋弁で、「海上の森に住む」という設定にもかかわらず、瀬戸弁でないことに違和感があるという声もある。

閉幕と同時に海上の森へ帰っていったが、カラーキッコロはいまだに万博会場に「住み着いている」と言われている。また同時に瀬戸市海上の森2005番地（架空の住所）に住む瀬戸市民として登録された。愛知県瀬戸市では希望者に対して、1通200円（条例改正により現在は300円）でこの住民票を発行している。

閉幕後は博覧会協会により「モリゾー・キッコロは封印する」ということになっていたが、愛知県内の協賛企業の電気量販店で、モリゾーとキッコロのぬいぐるみが協会に無断で使用され大きく報道された。その後、静まる気配のない人気に押された形で、博覧会協会は2005年11月18日、万博のテーマを継承する目的で開催する記念のイベントに、再びモリゾーとキッコロを登場させることを決めた。また、2006年3月には“おかえり モリゾー・キッコロ”と謳われた新たなキャラクターグッズの販売も発表された。このようにイベント（博覧会）の公式キャラクターが、閉幕後も高い人気を獲得しているのは異例である。万博が終了しても人気があり、2006年のまるはちの日当日に、オアシス21に登場したモリコロと記念撮影をしたい家族連れが、最高20分から30分待ちの列を作ったり、ローカル・全国問わずテレビ番組にたびたび登場したりと、万博を超えた独立キャラクターになりつつある。2006年9月の閉幕1周年記念事業においても、モリゾーとキッコロを主役にしたミュージカルの公演がアクアリーナ豊橋で行われ、氷上での荒川静香との競演などが話題になった。

2010年の上海万博では日本館にてミュージカルに登場しており、以降の国際博覧会では日本館のサポーターも務めている。

なお、2007年3月31日を以って博覧会協会が完全に解散したことにより、所属（著作権保持者）が博理念継承先の地球産業文化研究所に移っている。また、同年よりNHK教育テレビにてモリゾーとキッコロが出演する教育番組『モリゾー・キッコロ 森へいこうよ!』が開始しており、2015年3月28日まで放送が続けられていた。

2015年秋に愛・地球博記念公園で開催された第32回全国都市緑化フェア「花と緑の夢あいち2015」では公式キャラクター・緑化特別大使を務めた。この際、モリゾーは胸に花の勲章を、キッコロは花の冠と胸には花の勲章が加えられたデザインで登場した。

その他にもいくつかのキャラクターが存在した。

• マモタン（男の子）とマモリン（妹）（マンモスラボ・博覧会協会公式マスコット）
• フク丸（ワンダーサーカス電力館）
• 江古野守（長久手愛知県館）
• カモネ（オーストラリア館）
• コーコー（フィリピン館）
• シャムロックちゃん（アイルランド館）
• ナチュリン（中米共同館）
• ケロケ郎（会場間燃料電池バス）