2011年8月1日、2度目のテレビアニメ化が発表された。同年10月2日より2014年9月24日まで日本テレビで放送された。この放送よりハイビジョン制作。第1作からスタッフ・キャストは一新されている。

第1作同様ローカルセールス枠であり、ネット局の多くは深夜帯での遅れネットとなる。なお、日本テレビ系列局における日曜11時枠にアニメが放送されるのは1992年9月27日までの『キン肉マン キン肉星王位争奪編』以来から約19年振りとなる。更に『それいけ!アンパンマン』を除く日本テレビ制作のアニメが全日帯枠で放送するのは『D・N・A² 〜何処かで失くしたあいつのアイツ〜』以来から約17年振りとなった。ナレーターは二又一成が務めている。また、日本テレビでは第5話まで『誰だって波瀾爆笑』終了後にジャンクションが放送されていた。

アニメ第1作が最終的にグリードアイランド編までのアニメ化であったのに対し、本作はキメラ=アント編〜選挙編が初アニメ化され、アニメシリーズ全体で初となる劇場版も放送中に2作公開された。

2013年10月9日よりキー局の日本テレビでの放送時間が深夜に移動し、地上波での放送時間帯が統一された。それを境に、原作における過激な表現が、アニメでも直接的に描写されるようになった。

タイトルの下のハンター文字もタイトル、オープニングの背景にはゴン達の名前が書かれたシーンがあり、アイキャッチはハンター語講座と題している（第26話まで）。また、アイキャッチ全体だけでなくタイトルの下、オープニングの背景にハンター文字が使われている。第27話から第58話までは本編後に「ゴンとキルアのハンサイクロペディア」という小コーナーがあり、劇中で登場する人物や用語などをゴンとキルアが簡単に解説している。第59話から第75話までは「G.Iちゅーとりある」と題名を変え、グリードアイランドの各種設定が解説されている。

2014年1月27日、ネテロ役の永井一郎が急逝し、銀河万丈が役を引き継いだ。永井が最後に出演したのは第114話「ブンダン×ト×ゴサン」。ゴン役の潘めぐみ、母でありミト役の潘恵子は、公開の交換日記企画「潘ちゃん×潘さん交換日記」で永井への思いを交わした。

2014年4月25日放送分で、マッドハウスが制作したテレビアニメの中で、放送話数の最高記録を更新した。それまでは『YAWARA!』が同社の放送話数最高記録だったため、実に約22年ぶりの更新となる。

次回予告はゴンが次回のサブタイトルを言った後、キルアを主に他のキャラクターと掛け合う方式だったが、選挙編では演出やBGMが刷新され、ナレーションの二又一成があらすじを読み上げる形となった。

2014年9月23日、第148話「コレマデ×ト×コレカラ」をもって終了。ゴン役の潘めぐみは、原作がアニメ終了当時継続中である ことにも因み、一区切りであり最終回ではないと述べている。

• 原作 - 冨樫義博
• 連載 - 週刊少年ジャンプ
• 監督 - 神志那弘志
• 助監督 - 中山奈緒美（第1話 - 第26話）→青木弘安（第27話 - 第89話）→牛嶋新一郎（第90話 - ）、山城智恵（第1話 - 第79話）→migmi（第80話 - ）
• シリーズ構成 - 前川淳（第1話 - 第58話）→上代務（第39話 - ）
• キャラクターデザイン - 吉松孝博（第1話 - 第87話）、いんどり牧場（第88話 - ）
• メインキャラクターデザイン（第88話 - ） - 吉松孝博
• 総作画監督 - 吉松孝博
• アクション作監 - 平山貴章
• 美術監督 - 一色美緒
• 色彩設計 - 堀川佳典
• 撮影監督 - 荒幡和也（第1話 - 第41話）→畑中宏信（第42話 - 第75話）→井上洋志（第76話 - ）
• 編集 - 寺内聡
• 音楽 - 平野義久
• 音響監督 - 山田知明
• プロデューサー - 中谷敏夫、田村学（第1話 - 第123話）→森川愛（第124話 - ）、本安哲人（第1話 - 第87話）→興野裕之（第88話 - 第100話）、篠原昭（第1話 - 第99話）→櫻井健一（第100話 - ）、岩佐直樹（第1話 - 第58話）→桐本篤（第59話 - ）、吉野朋子（第1話 - 第75話）
• アニメーションプロデューサー - 三田圭志
• アニメーション制作 - マッドハウス
• クリエイティブプロデューサー - 丸山正雄
• 企画協力 - 「週刊少年ジャンプ」編集部、斎藤優、小野寺宏次（第124話 - 第148話）
• 制作協力 - スタジオ・ライブ
• 製作著作 - 「HUNTER×HUNTER」製作委員会（日本テレビ、バップ、集英社（第1話 - 第100話）、マッドハウス）

主要キャストを記載。この他のキャストについてはHUNTER×HUNTERの登場人物及びその子記事群を参照。

• ゴン＝フリークス - 潘めぐみ
• キルア＝ゾルディック - 伊瀬茉莉也
• レオリオ - 藤原啓治
• クラピカ - 沢城みゆき
• ヒソカ - 浪川大輔

歌詞はオープニングのみ表示されている。

サブタイトルは「○○×○×○○」といった形式で例外を除き韻を踏んだカタカナが入る。

• 字幕放送は日本テレビ、テレビ大分、テレビ宮崎、読売テレビ（2013年10月8日放送分以降）のみ実施。
• 連動データ放送は製作局の日本テレビのみ実施。
• 札幌テレビと広島テレビは提供画面部分カット。

「潘めぐみと伊瀬茉莉也のHUNTER×HUNTER HUNTER STUDIO」のタイトルで、文化放送で2011年10月9日から2012年4月3日まで毎週土曜日25:30から放送された。また超!A&G+とHiBiKi Radio Stationにて、2011年10月10日から2012年4月2日まで毎週日曜日に配信された。なおHiBiKi Radio Stationでは9月24日より、超!A&G+では10月2日より第0回を配信。

• 文化放送:2011年10月9日 - 2012年4月1日:日曜 1:30 - 2:00（土曜深夜）（ただし、2011年1月3日は文化放送の年末年始特番編成の影響で休止。）
• 超!A&G+:2011年10月3日 - 2012年4月2日:月曜 1:00 - 1:30（日曜深夜）
• HiBiKi Radio Station:2011年9月24日 - 2012年4月1日:毎週日曜日配信

• 潘めぐみ（ゴン＝フリークス 役）
• 伊瀬茉莉也（キルア＝ゾルディック 役）

• 潘めぐみ（ゴン＝フリークス 役）
• 伊瀬茉莉也（キルア＝ゾルディック 役）

• 藤原啓治（レオリオ 役、第0回・第6回）
• 沢城みゆき（クラピカ 役、第8回）
• 潘恵子（ミト 役、第11回）
• 平野綾（メンチ 役、第12回）※「ジャンプフェスタ2012｣会場からの公開録音回
• 浪川大輔（ヒソカ 役、第13回）※「ジャンプフェスタ2012｣会場からの公開録音回

• 藤原啓治（レオリオ 役、第0回・第6回）
• 沢城みゆき（クラピカ 役、第8回）
• 潘恵子（ミト 役、第11回）
• 平野綾（メンチ 役、第12回）※「ジャンプフェスタ2012｣会場からの公開録音回
• 浪川大輔（ヒソカ 役、第13回）※「ジャンプフェスタ2012｣会場からの公開録音回

• その後「潘めぐみと伊瀬茉莉也のHUNTER×HUNTER×HUNTER×STUDIO☆（ひとつぼし）」のタイトルにリニューアルされて超!A&G+で2012年4月9日から12月31日まで隔週月曜日未明（日曜日深夜）更新で放送された。HiBiKi Radio Stationでは2012年4月9日から2013年3月25日まで隔週日曜日に配信された。

• 超!A&G+:2012年4月9日 - 2012年9月31日:月曜 1:00 - 1:30（日曜深夜）枠
• 2012年4月29日放送分は特番編成の影響で2:00 - 2:30に変更。

• 2012年4月29日放送分は特番編成の影響で2:00 - 2:30に変更。

2012年10月8日 - 2013年1月7日:月曜 2:00 - 2:30（日曜深夜）枠

（隔週更新。更新のない日曜日はリピート）

• HiBiKi Radio Station:2012年4月8日 - 2013年3月24日:隔週日曜日更新

• 寺崎裕香（ズシ 役、第6回）
• 宮野真守（クロロ 役、第14回）
• 前田玲奈（マチ 役、第16回）

• 寺崎裕香（ズシ 役、第6回）
• 宮野真守（クロロ 役、第14回）
• 前田玲奈（マチ 役、第16回）

Blu-ray・DVDはバップより2012年1月25日から順次発売。当初は単巻での販売だったが、後にシリーズ毎のBOXでの販売となった。総集編である第13話と第26話は未収録。レンタルでは単巻で選挙編までが全49巻でレンタルされている。