東京のヒューロン研究所で爆発事故が起きる。警察と共に捜査員の翠川誠もかけつけるが、劉天華によって捜査は中止される。帰宅した誠のパソコンに「世界が危機に曝されている」というメッセージが届き、スマートフォンにIngressのアプリがインストールされる。誠はアプリに指示され、事故唯一の生き残りサラ・コッポラを病院から連れ出すが、サラはヒューロンの特殊部隊に拉致される。誠はサラを追っていたジャック・ノーマンと手を組み、ハッカー仲間の国木田慈恩に作らせた偽造パスポートで出国。サラが囚われているスイスを目指す。

二人は旅の途中出会ったハンク・ジョンソンから、人の感情を支配する「ダークXM」が狙われていると知る。スイスに到着した誠とジャックは、クリストファー・ブラントの研究所で、人工知能ADAと対面。ヒューロンの黒幕コラボレイターズがダークXMを仕込んだARゴーグルを発売し、人々を支配しようとしていた。誠とジャックは人体実験を受けていたサラを救出。そこでジャックは自分がブラントによってダークXMから作られた複製体「シミュラクラ」であり、その寿命は1331日と知る。

複製体であらわれたブラントは、人の意識をXM化し、ポータルネットワークにとりこんで一つになることで平和を実現するという野望を明かす。ネットワークの中でサラとブラントの戦いが始まる。誠は慈恩を通じて世界中のエージェントにポータルにXMを集めるミッションを呼びかける。ジャックはブラントの本体と共に自爆。力を得たサラはブラントに勝利し、ダークXMを中和し姿を消す。誠はサラとジャックの生存を信じ、彼らを探す旅を続ける。

2018年7月28日札幌で行われたアノマリー、Cassandra Prime Sapporoにて実施が発表された。アニメとゲームと現実を繋ぐ企画で、アニメ第一話に至るまでの主人公たち（誠、サラ、ジャック）のそれぞれの軌跡を辿る。脚本の月島総記書き下ろしによるこのストーリーは、アニメ本編と同じ時間軸で進行する。

この企画では、複数に分割されたストーリーがそれぞれ特定のポータルに隠されている。IngressユーザはSNSなどを通じて公式が発表したヒントを元に全国のポータルからそのポータルを特定し、ハックする。すると「メディア」と呼ばれるゲーム内アイテムが入手できる。これをいくつか集め謎解きをすると、アルファベットと数字によるパスコードが浮かび上がる。このパスコードをゲーム内、あるいは公式マップに入力するとストーリーがアンロックされる。アンロックされたストーリーは特設サイトで閲覧でき、またそのストーリーをはじめにアンロックした陣営を確認できる。

脚本・シリーズ構成を担当した月島総記による書き下ろしが星海社FICTIONSより発売された。全2巻。

• 『INGRESS THE ANIMATION ―NOVELIZED―(上)』、2018年12月26日発売 ISBN 978-4-06-514226-4
• 『INGRESS THE ANIMATION ―NOVELIZED―(下)』、2019年2月15日発売 ISBN 978-4-06-515155-6